Po śmierci fundatora, zgodnie z jego testamentem, opiekę nad majątkiem i kościołem przejął zakon Dominikanów z Krakowa. Następnie, w XIX wieku w okolice Jodłownika przybyli Cystersi i objęli opiekę nad kościołem. Przeprowadzili wówczas jego generalny remont i założyli pobliski cmentarz. Zabytkowy kościół w Jodłowniku, w powiecie limanowskim znajduje się na Małopolskim Szlaku Architektury Drewnianej. Ściany zewnętrzne w całości są obite pionowymi deskami, a dach został pokryty gontem. W założeniach architektonicznych kościoła w Jodłowniku można zauważyć elementy stylu gotyckiego. Nad świątynią góruje kwadratowa wieża o konstrukcji słupowej. Na dachu znajduje się również niewielka sześcioboczna wieżyczka na sygnaturkę, dobudowana w XVII wieku. Wyróżniającym się elementem wyposażenia kościoła w Jodłowniku jest jasna renesansowa ambona, pochodząca z XVI wieku. Na stropie w części nawowej zachowała się rokokowa polichromia z 1754 roku, która przedstawia koronację Matki Boskiej według Edwarda Rastawieckiego i Józefa Łepkowskiego, ale autorem był nieznany pracownik dominikanów. W kościele znajduje się również wiele obrazów z XVII i XVIII wieku, wraz z obrazem fundatora kościoła Przecława Niewiarowskiego z 1600 roku, oraz dwa dzwony z drugiej połowy XVI wieku i piękna drewniana chrzcielnica. W 2009 roku w Jodłowniku i okolicy kręcono sceny do komedii „Święty interes” z Piotrem Adamczykiem i Adamem Woronowiczem w rolach głównych. Mieszkańcy Jodłownika grali role statystów w tym filmie. Zabytek z zewnątrz jest udostępniony przez cały rok, natomiast wewnątrz można zwiedzać kościół w godzinach nabożeństw. W ramach Szlaku Architektury Drewnianej kościół jest czynny od początku maja do końca września.