Zanim powstało Sanktuarium na zakopiańskich Krzeptówkach stała tylko kaplica Księży Pallotynów, w której przechowywana była figura Matki Boskiej Fatimskiej. Figurka podarowana w 1961 roku przez kardynała Stefana Wyszyńskiego, została poświęcona przez biskupa Karola Wojtyłę. On także, już jako papież, dokonał jej koronacji w 1987 roku podczas uroczystości w Rzymie na placu świętego Piotra a dziesięć lat później osobiście dokonał konsekracji świątyni. Przy sanktuarium na Krzeptówkach w ogrodach stoi także ołtarz, przy którym w 1997 roku święty Jan Paweł II pod Wielką Krokwią odprawił pamiętną, uroczystą Mszę Świętą i przyjął hołd górali polskich. Przy Sanktuarium Matki Boskiej Fatimskiej w Zakopanem znajduje się również pomnik Papieża oraz replika krzyża z Giewontu. Drogę do Sanktuarium wytyczają rozwieszone nad ulicą transparenty. Stanowią one ostatnie przygotowanie pielgrzymów do spotkania z Matką Bożą Fatimską i Jej Synem. Przypominają o konieczności zawierzenia Matce Najświętszej i o roli modlitwy różańcowej. Pomagają w tym cytaty z nauczania Papieża. W przęsła ogrodzenia wkomponowano dziesiątki różańca, by teren Sanktuarium został symbolicznie opleciony tą modlitwą, o którą Matka Boża prosiła w Fatimie.