Opactwo Cystersów, ukryte wśród wzgórz Beskidu Wyspowego, powstało w XIII wieku z kościołem murowanym z kamienia. W 1620 roku mnisi rozpoczęli budowę nowego klasztoru i kościoła, który konsekrowano w 1642 roku. W zabudowaniach klasztornych powstała biblioteka. W XVII wieku nad Stradomką stanął browar, wzniesiono karczmę i młyn, przy którym w latach 30. XX wieku działała elektrownia wodna. Mnisi, hodowali ryby w stawach oraz krowy rasy polskiej czerwonej, uprawiali pola i zakładali sady. Od  1780 roku przy klasztorze działała szkoła. W 1792 roku klasztor przestał być opactwem. Rozwój klasztoru nastąpił w XIX wieku po uzyskaniu przez Polskę niepodległości.

Znajdujący się w kościele obraz Matki Bożej Szczyrzyckiej z XV wieku jest dziełem nieznanego artysty. Namalowano go na lipowej w stylu malarstwa włoskiego i koronowano w latach 1939 i 1984.

Barokowy kościół wzniesiono na planie krzyża, z prezbiterium zamkniętym półkolistą absydą i smukłą rokokową wieżyczką z sygnaturką. Wejście prowadzi przez gotycki portal z XV wieku, wnętrze zdobi secesyjna polichromia z 1913 roku. W zespole klasztornym są też zabudowania klasztorne, dziedziniec, wirydarz z ogrodem oraz zabudowania gospodarcze, w tym wozownia, spichlerz, młyn i browar. Dziś cystersi nadal prowadzą gospodarstwo rolne i hodują stado krów rasy polskiej czerwonej. A browar szczyrzycki Gryf jedynym czynnym browarem klasztornym w kraju. W spichlerzu urządzono muzeum ze zbiorami historycznymi, militarnymi i sakralnymi.

Odpusty przypadają na 8 maja (dzień uroczystości św. Stanisława Biskupa i Męczennika) i 15 sierpnia (uroczystość Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny).