Ufundowany w 1616 roku drewniany klasztor i kościół nazywany pospolicie Alwernią stanął na górze Podskale, które fundatorowi – Krzysztofowi Korycińskiemu herbu Topór, kasztelanowi wojnickiemu i staroście gniewkowskiemu – przypominało włoskie wzgórze La Verna (łac. Alvernia) w Toskanii, gdzie swoją pustelnię założył i pierwsze stygmaty otrzymał święty Franciszek z Asyżu.

Murowany, jednonawowy kościół w stylu barokowym pod wezwaniem Stygmatów świętego Franciszka z Asyżu wzniesiono w latach 1625–1656 (stary drewniany nie był w stanie pomieścić coraz liczniej przybywających wiernych). W latach 1703–1708 dobudowano kaplicę, w której umieszczono cudowny obraz „Ecce Homo” ( co znaczy: Oto człowiek). W 1897 roku dobudowano wieżę wysokości 55 metrów. W 2011 roku spłonął dach kompleksu z górną kondygnacją klasztoru. Obiekt będący pięknym przykładem sztuki barokowej starannie odnowiono i odbudowywano. Dziś kościół Stygmatów świętego Franciszka z Asyżu jest Sanktuarium Pana Jezusa Miłosiernego i miejscem kultu przechowywanego tu obrazu Pana Jezusa „Ecce Homo”, czczonego jako ikona Miłosierdzia Bożego. Wizerunek podobno należał do ostatniego cesarza bizantyjskiego Konstantyna XII (1448–1453), później po upadku Konstantynopola dostał się w ręce sułtana Mahometa II (1451–1481). Od sułtana Amurata IV (1623–1640) odzyskał go cesarz austriacki Ferdynand II (1619–1637) lub Ferdynand III (1637–1657). Następnie obraz trafił do kościoła w Koszycach na Słowacji. Uroczyste przekazanie obrazu do klasztoru w Alwerni miało miejsce w 1686 roku w święto Matki Bożej Anielskiej w otoczeniu księży, szlachty, członków bractw religijnych i licznie zgromadzonych wiernych. Wizerunek początkowo umieszczono w ołtarzu głównym, a po wybudowaniu kaplicy w 1709 roku na znajdującym się w niej ołtarzu. Obraz jest namalowany na płótnie i naklejony na dębową deskę. W 1700 roku otrzymał srebrną sukienkę jako wotum zbiorowe pielgrzymów, którą skradziono w 1984 roku.

Klasztor w Alwerni nigdy nie był dużym konwentem, zwykle mieszkało w nim kilkunastu zakonników. Jest celem pielgrzymek. Modlili się tu królowie Polski, Jan III Sobieski i Stanisław August Poniatowski,  pielgrzymowali hierarchowie i dostojnicy kościoła katolickiego.

Sanktuarium jest też drugim po Kalwarii Zebrzydowskiej miejscem w Małopolsce, w którym w Wielkim Tygodniu odgrywane są Misteria Męki Pańskiej, a w Boże Narodzenie można zobaczyć jasełka.

Główne odpusty, to: Niedziela Miłosierdzia Bożego, niedziela po Bożym Ciele (tzw. „strzelanka”) oraz uroczystość Stygmatów św. Franciszka (17 września).