Cmentarz zlokalizowany jest we wschodniej części Bochni, na wzgórzu Krzęczków, przy ulicy Krzęczków 5. Zajmuje działkę na planie prostokąta o powierzchni 1 hektara. Jego historia rozpoczęła się od 18 listopada 1872 roku, kiedy władze miejskie wydały oficjalne pismo zezwalające na powstanie cmentarza.

Tuż przy wejściu znajduje się grobowiec zmarłego w 1932 roku rabina i cadyka Aszera Majera Halberstama, syna Józefa Zewa, potomka Chaima Halberstama, twórcy dynastii chasydzkiej z Nowego Sącza (Sanz). Jego grób stanowi cel pielgrzymek chasydów. Po lewej stronie od wejścia znajduje się grób masowy ludności żydowskiej z Bochni, Nowego Wiśnicza, okolicznych wsi, a także przebywających w getcie w latach 1941–1943 Żydów z Bochni, Krakowa, Brzeska, Krzeszowic, Mielca, Dębicy i innych miejscowości, którzy zostali zamordowani przez Niemców. W wyniku przeprowadzonych na terenie cmentarza egzekucji życie straciło około 300 osób.

W latach 60. XX wieku odsłonięto pomnik ku czci pomordowanych. Obelisk zbudowano ze zniszczonych macew. Otacza go żywopłot. Inicjatorami i fundatorami pomnika byli Mendel Reichberg, Abusch i Josef Hirschowie.

W obrębie nekropolii znajduje się też cmentarz wojenny numer 313, na którym pochowano żołnierzy wyznania mojżeszowego poległych w czasie I wojny światowej. Spoczywa tu 19 Austriaków z 80. pułku piechoty oraz 22. i 23. pułku strzelców, a także Rosjanin.

Wedle różnych danych, na cmentarzu znajduje się łącznie od 700 do 870 nagrobków. Najstarsza z nich pochodzi z 1873 roku. Zdecydowana większość wykonana jest z piaskowca. Nie zachowały się stare nagrobki z granitu szwedzkiego, które zostały rozebrane i zrabowane przez Niemców. Najnowsze tablice pamiątkowe, fundowane przez rodziny osób pogrzebanych na cmentarzu, wykonane są z granitu. Ponad 70 procent wszystkich nagrobków jest w dobrym stanie, posiadają odnowione i poprawione przez uczniów Liceum Plastycznego z Nowego Wiśnicza inskrypcje w języku polskim, hebrajskim, jidysz i niemieckim.

Obiekt należy do najlepiej utrzymanych cmentarzy żydowskich w Małopolsce. 

W grudniu 1989 roku wpisany został do „Rejestru zabytków nieruchomych województwa małopolskiego”.