Początki muzeum sięgają roku 1954, kiedy to ówczesny opat dr Stanisław Kiełtyka, chcąc ocalić zbiory sztuki sakralnej, a także eksponaty zbierane od okolicznej ludności, założył klasztorne muzeum. W latach 60. XX wieku dokonano uporządkowania zbiorów i podzielenia ich na dwa działy: militaria i sztuka sakralna. W 1978 roku cystersi odzyskali XVII-wieczny spichlerz, który podczas remontu okazał się dawną rezydencją opata. Podjęto decyzję, aby wykorzystać ten budynek na muzeum.

Dziś można tu podziwiać imponującą kolekcję broni, wśród której znajduje się między innymi japoński nóż harakiri, cepy bojowe, spisa kozacka, miecz obosieczny czy kusza z XVIII wieku. Muzeum szczyci się także zbiorami numizmatyki oraz jedyną w Polsce XVIII-wieczną kopią mapy świata z XIII wieku; na której świat jest okrągłą płaszczyzną z centrum w Jerozolimie. W salach zgromadzono także przedmioty sakralne, sztukę ludową i pamiątki po piewcy Podhala Władysławie Orkanie, który był wychowankiem czteroklasowej Szkoły Ludowej prowadzonej przez Cystersów w Szczyrzycu. Ciekawostką są eksponaty związane z historią browarnictwa, które są eksponowane w salach na samym dole. Warto odwiedzić to muzeum także dla kolekcji rzeźb. Znajduje się tu piękna figura Matki Bożej z XVI wieku, a także rzeźby Jędrzeja Wowry z Gorzenia Górnego i Józefa Janosa z Dębna Podhalańskiego.