Parafia w Skrzydlnej powstała między 1296 a 1315 rokiem, wzmianka o niej pojawiła się około 1473 roku w kronice Jana Długosza. Z uwagi na kosztowną budowę murowanej świątyni, prace przerwano, ukończono je w tańszym drewnie. Drewnianą nawę zbudowano w latach ok. 1419-1425. Kościół konsekrowano w 1585 roku. W 1820 roku rozebrano wolnostojącą dzwonnicę, w 1838 roku dobudowano drewnianą wieżę, a w 1880 roku boczną kaplicę fundacji wójta Józefa Cieślaka. W 1925 roku poszerzono chór i zakupiono nowe organy, w 1959 roku wyremontowano wieżę. W 1993 roku we wsi stanął nowy kościół, a stary zamienił funkcję na pomocniczy. Jego renowację rozpoczęto w 2013 roku.

To jednonawowy kościół drewniany, konstrukcji zrębowej z kamiennym, oszkarpowanym prezbiterium i zakrystią. Murowane prezbiterium i drewnianą nawę kryje wspólny, jednokalenicowy dach z wieżyczką na sygnaturkę. Izbicową wieżę oszalowaną deskami kryje barokowy hełm. Od południa do kościoła przylega kaplica. Wnętrze kryje sklepienie pozorne z 1787 roku. Sklepienia i ściany zdobi polichromia figuralno-ornamentalna z 1958 roku, dzieło Tadeusza Łakomskiego.

W barokowym ołtarzu głównym z przełomu XVII i XVIII wieku znajduje się kopia gotyckiego obrazu Matki Bożej z Dzieciątkiem z około 1519 roku, pędzla Stanisław Samostrzelnika. Oryginał po kradzieży i odzyskaniu umieszczono w muzeum. Barokowe ołtarze boczne pochodzą z końca XVII wieku. Uwagę zwraca renesansowy nagrobek Prokopa Pieniążka wykonany z piaskowca w latach 1567–1587, chrzcielnica z XVIII wieku, ambona z XVII wieku, gotycki oraz drewniany krucyfiks z XIV wieku na belce tęczowej, pochodzący z wcześniejszej świątyni. Obok stoi drewniana dzwonnica.

Teren otacza kamienny mur z przełomu XVIII i XIX wieku kryty dwuspadowym daszkiem gontowym, z bramkami i kapliczkami oraz starodrzew i kilka starych nagrobków pozostałych z cmentarza przykościelnego. Kościół znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej – światowe dziedzictwo w Małopolsce.