Pierwszy kościół istniał już w XIV wieku, później świątynię zbudowano w 1585 roku z fundacji właściciela wsi Przecława Niewiarowskiego, po którego śmierci opiekę nad majątkiem i kościołem przejął zakon krakowskich dominikanów. W tym czasie kościół odnowiono i wyposażono. W 1782 roku po konfiskacie majątku zakonnego przez Austriaków, dominikanie opuścili wieś, a kościółek włączono do parafii w Skrzydlnej. W 1869 roku kościół przejęli cystersi z klasztoru w niedalekim Szczyrzycu, przeprowadzili jego generalny remont i założyli cmentarz. Parafię erygowano w 1925 roku. W latach 1981–1987 obok drewnianego kościoła wybudowano nowy.

To kościół wzniesiony z drewna modrzewiowego w konstrukcji zrębowej z elementami gotyku, o ścianach oszalowanych pionowymi deskami, z wielopołaciowym dachem gontowym z niewielką, sześcioboczną wieżyczką sygnaturkową z XVII wieku. To świątynia jednonawowa, orientowana z węższym, zamkniętym trójbocznie prezbiterium, do którego przylega niewielka zakrystia. Nad kościołem góruje masywna, kwadratowa wieża konstrukcji słupowej z nadwieszoną izbicą, zwieńczona skromną iglicą.

Wnętrze kryje strop płaski, w nawie z zakrzywieniami. Strop i ściany zdobi rokokowa polichromia z 1764 roku, w prezbiterium Zwiastowanie oraz medaliony z popiersiami świętych związanych z dominikanami, a w nawie koronacja Matki Bożej według Edwarda Rastawieckiego i Józefa Łepkowskiego, wykonana przez nieznanego pracownik dominikanów. W kościele znajduje się wiele obrazów z XVII i XVIII wieku, w tym wizerunek fundatora Przecława Niewiarowskiego z 1599 roku. Na ołtarzu głównym z drugiej połowy XVIII wieku umieszczono posągi świętych Jacka i Dominika oraz obraz Ofiarowanie Najświętszej Maryi Panny. Cudowny wizerunek Matki Bożej Jodłownickiej oraz część barokowego wyposażenia z XVII i XVIII wieku przeniesiono do nowego kościoła. Wyróżniają się, jasna, późnorenesansowa ambona z XVI wieku i piękna drewniana chrzcielnica z 1915 roku, dwa ołtarze boczne i chór z malowanym parapetem. Dwa dzwony pochodzą z drugiej połowy XVI wieku.

Kościół znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej w Małopolsce.

W 2009 roku w Jodłowniku i okolicy kręcono sceny do komedii – Święty interes – z Piotrem Adamczykiem i Adamem Woronowiczem w rolach głównych, w którym statystowali mieszkańcy Jodłownika.