Późnogotycka bryła z drzewa jodłowego, o dachu i ścianach podbitych gontem, ma masywną, mocno zwężającą się ku górze wieżę zwieńczoną ostrosłupowym hełmem. Wieża jest o wiek późniejsza niż korpus kościoła. W XVII wieku do bryły dostawiono też kaplicę Aniołów Stróżów, zniekształcając nieco typowy, klasyczny charakter budowli.

Tym, co sprawia, że binarowski kościółek jest tak znany, i znalazł się na Liście UNESCO, jest jego wyjątkowe wnętrze. Na zwiedzających robi ono ogromne wrażenie. Ściany i strop tej przepięknej świątyni szczelnie pokrywają malowidła: na sufitach jest to polichromia wykonana za pomocą szablonów o wzorach roślinnych, pochodząca z początku XVI wieku. Na ścianach znajdziemy XVII-wieczne barokowe cykle, ukazujące sceny z Nowego Testamentu oraz widoki ówczesnego miasta Biecza. Interesujący jest również wystrój świątyni: rzeźbione ławki, pokryte malowidłami konfesjonały i ambona czy tron dla celebransa. Pięknie prezentują się nawet okucia drzwiowe pamiętające czasy powstania świątyni. Z cennego wyposażenia wyróżniają się gotyckie: XIV i XV-wieczne rzeźby i płaskorzeźby w ołtarzach (jedyna tak dobrze zachowana kolekcja w południowej Polsce) oraz kamienna chrzcielnica (XVI wiek) z barokową pokrywą.

Warto dodać, że świątynia w Binarowej jest nie tylko pięknym przykładem drewnianej architektury sakralnej, ale również miejscem kultu maryjnego. W jej lewym ołtarzu bocznym znajduje się obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem (Piaskowej). Obraz pochodzi z XVII wieku i jest repliką cudownego obrazu Matki Bożej Piaskowej z krakowskiego kościoła Karmelitów. Niestety nie udało się ustalić kim był autor wizerunku, ani też kiedy obraz znalazł się w kościele. Wiadomo jednak, że do obrazu pielgrzymowano już w XVIII stuleciu. Kult przetrwał, czego dowodem jest odprawiana w każdą środę i gromadząca tłumy wiernych nowenna ku czci Matki Bożej Piaskowej, połączona z odczytywaniem próśb i podziękowań.