Pierwszy gotycki kościół kompletnie zniszczono podczas potopu szwedzkiego. Obecny wieńczy kopuła, którą celowo umieszczono nisko, nie wynosząc jej ponad wysokość fasady świątyni. Zadecydowały o tym względy strategiczne – ewentualny ostrzał artyleryjski z Wawelu mógł naruszyć zbyt wyeksponowane elementy konstrukcji.
Pierwsi zakonnicy bernardyńscy w Krakowie rekrutowali się spośród słuchaczy surowego kaznodziei, franciszkanina obserwanta świętego Jana Kapistrana, który podczas swojej wizyty w mieście w połowie XV wieku głosił płomienne kazania przeciwko grzechowi i zbytkom. Przyjechał do Krakowa w 1453 roku, na zaproszenie króla Kazimierza Jagiellończyka i biskupa krakowskiego kardynała Zbigniewa Oleśnickiego, który ofiarował zakonnikom ziemię na Stradomiu.
Budową pierwszego kościoła kierował Jan Długosz, a jego fundatorem był kasztelan sandomierski Jan Hińcza z Rogowa. W latach 1645–1647 nowy kościół zbudowano na miejscu gotyckiego, zniszczonego w czasie potopu szwedzkiego. Obecną wczesnobarokową świątynię z lat 1659–1680 wzniesiono na planie krzyża łacińskiego według projektu Krzysztofa Mieroszewskiego. To kościół trójnawowy, bazylikowy z transeptem i kopułą ukrytą w dachu. 
W kruchcie znajdują się późnorenesansowe nagrobki. Sklepienia nawy głównej i prezbiterium zdobią stiuki. W kaplicy świętej Anny znajduje się późnobarokowy ołtarz z XVIII wieku z rzeźbą świętej Anny Samotrzeciej z XV wieku, pochodzącą z warsztatu Wita Stwosza oraz barokowy obraz „Taniec śmierci” z XVII wieku. Natomiast w kaplicy świętego Szymona z Lipnicy, w ołtarzu-mauzoleum z 1662 roku umieszczono sarkofag z relikwiami i posągiem świętego Szymona, bernardyńskiego zakonnika żyjącego w XV wieku. Witraż ze scenami z życia świętego wykonał Józef Mehoffer. W późnobarokowych ołtarzach bocznych i w ołtarzu głównym, z dekoracją snycerską z lat 1758–1766, znajdują się obrazy Franciszka Lekszyckiego, zakonnika tutejszego klasztoru.