Rozbudowa Krakowa w latach 50. XX wieku polegała na budowie nowych osiedli bez kościołów. Dlatego ksiądz kardynał Karol Wojtyła starał się od komunistycznych władz zdobyć zezwolenia na ich budowę. Od 1971 roku na Krowodrzy powstawały punkty katechetyczne, przy których odprawiano nabożeństwa. W 1974 roku mszę świętą odprawił też kardynał Karol Wojtyła. Papież odwiedził parafię w czasie drugiej pielgrzymki do Ojczyzny. W zakrystii znajdują się kielichy i ornaty, które podarował kościołowi.

Kościół, wybudowany w latach 1980–1990, ma nowoczesną, monumentalną bryłę opartą na planie równoramiennego krzyża greckiego. Przed ołtarzem znajduje się przestrzeń amfiteatralna, którą doświetlają świetliki w stropie i ścianach. W ołtarzu głównym w formie sarkofagu znajdują się relikwie patronki kościoła, przekazane w 1983 roku przez papieża św. Jana Pawła II. Za ołtarzem umieszczono tabernakulum i wielki witraż tworzący tło dla krzyża, kopii krzyża wawelskiego przed którym modliła się święta Jadwiga. W kaplicy dolnego kościoła umieszczono obraz Matki Bożej Ostrobramskiej, dzieło Tadeusza Boruty z 1993 roku i Drogę Krzyżową Teresy Tarczyńskiej. Wystrój kaplicy jest dziełem Teresy Tarczyńskiej i Macieja Zychowicza.

Przed głównym wejściem do kościoła ustawiono krzyż, który był elementem ołtarza papieskiego na Błoniach podczas pierwszej pielgrzymki Jana Pawła II do Polski. W pobliżu krzyża 19 lipca 1992 roku odsłonięto Kamień Wiary i Niepodległości, którego duży fragment stanowi kamień – fragment pierwszego pomnika Grunwaldzkiego z pl. Matejki w Krakowie

Konsekracja kościoła nastąpiła 10 czerwca 1990 roku.

W podziemiach kościoła mieści się Panteon Narodowy Żołnierzy Armii Krajowej Polskich Kresów Wschodnich, gdzie znajduje się m.in. tablica poświęcona twórcy i pierwszemu dowódcy 27 Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK gen. Janowi W. Kiwerskiemu. Kościół św. Jadwigi Królowej jest kościołem patronalno-garnizonowym żołnierzy AK Polskich Kresów Wschodnich.