Do dziś członkowie wspólnoty Ormian krakowskich spotykają się na nabożeństwach w dwóch świątyniach, na co dzień służących katolikom - w kościele świętego Mikołaja i w kościele Bożego Miłosierdzia na rogu ulic Felicjanek i Smoleńsk.  Na początku XVI wieku stał tu dwór Jana z Mirowa Myszkowskiego. Jego właścicielem w 1543 roku był Jan Żukowski z Bystrzycy, który w 1555 roku wzniósł szpital dla ubogich i niewielki, drewniany kościół, zniszczony w 1587 roku w czasie najazdu arcyksięcia Maksymiliana Habsburga. Murowany, z fundacji księcia Jana Wróblewskiego, powstał w latach 1624–1629. Od 1649 roku należy do kapituły katedralnej na Wawelu. Budynek zniszczony podczas potopu szwedzkiego w 1655 roku, odbudowano do 1665 roku.

To nieduży, barokowy kościół, murowany, częściowo oszkarpowany, o kolebkowych sklepieniach, składający się z trójprzęsłowej prostokątnej nawy i węższego półkoliście zamkniętego prezbiterium. Pod kościołem znajduje się krypta. Na ścianie widać wmurowany fragment płyty nagrobnej z XV wieku, z przedstawieniem klęczącego rycerza. Elewację frontalną wieńczy gzyms z trójkątnym przyczółkiem i eliptycznym okienkiem. Portal wejściowy poprzedzają kamienne schody. Dach jest dwuspadowy z wieżyczką na sygnaturkę. W barokowym ołtarzu głównym z 1655 roku, fundacji Jana Pakuszowskiego, znajduje się krucyfiks zasłaniany obrazem Ukrzyżowania z XVII wieku. W jednym z dwóch, barokowych ołtarzy bocznych z XVII wieku umieszczono obraz Matki Boskiej Śnieżnej z XVII wieku. Ołtarz kamienny wykonano w 1906 roku. We wnękach w nawie widać malowidła z 1906 roku, dzieła Antoniego Zembaczyńskiego, ucznia Jana Matejki. Witraże z 1908 roku, po zniszczeniu w 1945 roku, odnowiono w 1947 roku. Ciekawe są: barokowa ambona z XVII wieku, drewniany chór muzyczny wsparty na kolumnach z początku XX wieku, obrazy z XVIII wieku, malowidło na desce z 1650 roku oraz barokowe epitafia z marmuru i tablica z zaznaczeniem poziomu i stanu wód w Wiśle, w czasie wielkiej powodzi w 1813 roku.