Pierwszy romański kościół ufundowały rycerskie rody Gryfitów i Ostojów przed 1257 rokiem, czyli przed lokacją miasta. W 1618 roku staraniem Mikołaja Zebrzydowskiego osadzono w nim karmelitanki bose, które w latach 1619–1621 wybudowały klasztor projektu Giovanniego Battisty Trevano. Wczesnobarokowy kościół, również projektu Trevano, stanął w latach 1637–1640, w miejscu romańskiej świątyni. Budowę sfinansowano z posagu siostry Teresy Marii, córki księcia Ferdynanda Falzgrafa Renu. W czasie potopu szwedzkiego kościół zamieniono na zbór protestancki, w 1686 roku wrócił do zakonu, a po jego przeniesieniu w 1787 roku do nowego klasztoru i kościoła świętej Teresy na Wesołej, świątynię wystawiono na sprzedaż. W 1816 roku kościół przekazano zborowi ewangelickiemu jako rekompensatę za trzykrotne zniszczenie świątyni protestanckiej przy ulicy świętego Jana. Do dziś budynek zachował się w kształcie z XVII wieku, zmieniał się tylko jego wystrój. 
To skromna, murowana, jednonawowa świątynia na planie prostokąta z niewyodrębnionym prostokątnym prezbiterium. Dwukondygnacyjną fasadę wieńczy trójkątny szczyt z wazonami, a zdobią toskańskie pilastry, nisze i okno w bogatym obramieniu. We wnętrzu dominuje biel ścian oraz sklepienia kolebkowe z lunetami, dekoracje stiukowe i pilastry o jońskich kapitelach. To świątynia ekumeniczna, dlatego w klasycystycznym ołtarzu głównym z 1870 roku, umieszczono obraz Chrystusa uciszającego morską burzę, dzieło Henryka Siemiradzkiego z 1882 roku, a powyżej drewniany, gotycki krucyfiks z 1370 roku i witraż z okresu międzywojennego projektu Adama Ciompy. Przed ołtarzem stoi chrzcielnica, a nad nią ambona. Przy wejściu uwagę zwraca płaskorzeźbione epitafium Mikołaja Reja, dzieło Jana Raszki z 1921 roku, zniszczone przez Niemców w czasie II wojny światowej. 
W kościele organizowane są koncerty muzyki religijnej, głównie organowej i kameralnej. W latach 50. XX wieku grywał tu kwartet smyczkowy i śpiewał chór dziecięcy, później mieszany, dziś zespół wokalny. Od 2003 roku działa Polskie Towarzystwo Bachowskie promujące twórczość Johanna Sebastiana Bacha i innych muzyków. Świątynia rozbrzmiewa muzyką głównie organową, odbywają się w niej muzyczne festiwale, występy chórów ewangelickich, koncerty charytatywne i sesje nagraniowe.