Bracia Kapucyni, zakon będący zreformowaną gałęzią zakonu braci mniejszych franciszkanów, stąd właściwa nazwa Bracia Mniejsi Kapucyni, zawdzięczają swoje przybycie do Polski królowi Janowi III Sobieskiemu. Władca zwrócił się do papieża z prośbą o udzielenie pozwolenia na pobyt zakonników w Polsce. Papież Innocenty XI w 1680 roku przychylił się do prośby Sobieskiego, zapewne w wyniku przystąpienia Polski do przymierza przeciw Turkom, i zezwolił na ufundowanie dwóch hospicjów-przytułków w Warszawie i Krakowie. W 1694 roku zdecydowano o budowie klasztoru i kościoła krakowskiego. Środki na budowę przeznaczyło wielu darczyńców, przede wszystkim Wojciech Dembiński, chorąży zatorski i oświęcimski. 
Kapucyni przybyli do Krakowa w 1695 roku, kościół w stylu baroku toskańskiego budowano do 1703 roku. Świątynia składa się z nawy, dwóch bocznych kaplic i prostokątnego prezbiterium. Prostą fasadę wieńczy trójkątny szczyt, zdobi kilka pilastrów i eliptyczne okno. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Zwiastowania z 1701 roku, pędzla Pietro Dandiniego z Florencji, przekazany kapucynom przez księcia Toskanii Kosmę III Medyceusza. W filarze przy ołtarzu umieszczono kulę armatnią, która wpadła do kościoła w czasie konfederacji barskiej w 1768 roku. W ołtarzach bocznych z 1775 roku warto zobaczyć figurę świętego Józefa z Dzieciątkiem dłuta Tadeusza Błotnickiego z 1903 roku, zasuwę ołtarzową z wizerunkiem Chrystusa Miłosiernego na tle płonącej Warszawy, dzieło Adolfa Hyły z 1944 roku, obraz świętego Erazma z 1763 roku i Matkę Boską Ostrobramską przywiezioną po II wojnie światowej z Kresów Wschodnich. W kaplicy Jezusa Ukrzyżowanego znajduje się cudowny krucyfiks. 
Obok klasztoru wznosi się domek loretański z lat 1712–1719, kopia kaplicy z włoskiego Loreto. Według legendy był to dom Maryi, przeniesiony przez aniołów z Nazaretu do Italii. W kościele i krużgankach domku loretańskiego umieszczono tablice i epitafia upamiętniające ofiary wojen oraz wybitnych wojskowych i naukowców. Umieszczono je tu gdyż kapucyni od insurekcji kościuszkowskiej do wybuch I wojny światowej byli kapelanami i towarzyszyli powstańcom w walkach. Tu Tadeusz Kościuszko poświęcił szablę w czasie Insurekcji w 1794 roku, o czym przypomina tablica autorstwa Alfreda Dauna. Przed klasztorem znajduje się mogiła konfederatów barskich poległych w 1768 roku, na której w 1993 roku postawiono krzyż z pamiątkową tablicą. Na dziedzińcu stoi pomnik świętego Ojca Pio z 1999 roku.