Na terenie budującego się osiedla Tysiąclecia msze odprawiał dojeżdżający z Raciborowic ksiądz Józef Kurzeja, wikary raciborowickiej parafii, do której należała wieś Mistrzejowice. W 1970 roku w lesie stanął pomalowany na zielono barak z ołtarzem polowym z wizerunkiem Maksymiliana Marii Kolbego, nazwany Zieloną Budką. Ówczesne władze nie zezwalały na założenie nowej parafii, ale księdza Kurzeję popierał kardynał Karol Wojtyła i mieszkańcy Nowej Huty. W 1973 roku na osiedlu wybudowano tymczasową kaplicę, a na kościelnym placu postawiono Zieloną Budkę. Kościół, wybudowany w latach 1976–1983 według projektu Józefa Dutkiewicza, konsekrował Jan Paweł II podczas drugiej pielgrzymki do Ojczyzny.

Świątynia ma dwa poziomy, plebanię i 10 pomieszczeń katechetycznych. Ściany kościoła i plebanii obłożono białym kamieniem pińczowskim, schody wyłożono czerwonym piaskowcem szydłowieckim. Kościół górny mieści 5000 wiernych. W ołtarzu głównym widać rzeźbę Chrystusa Ukrzyżowanego wysokości prawie sześciu metrów oraz Matki Boskiej Niepokalanie Poczętej i świętego Maksymiliana Marii Kolbego. Tabernakulum podtrzymują figury aniołów. Wszystkie rzeźby są dziełem Kazimierza Gustawa Zemły. Odlana z brązu chrzcielnica upamiętnia chrzest Rzeczypospolitej Trojga Narodów. W 1982 roku papież Jan Paweł II podarował kościołowi czerwony granit szwedzki na posadzkę i biały marmur karraryjski na ołtarz, którego tło wykonano z włoskiego trawertynu.

Kościół dolny mieści 2000 wiernych. W krypcie grobowej znajduje się marmurowy sarkofag księdza Józefa Kurzei. Nad ołtarzem wisi rzeźba Jezusa Ukrzyżowanego, dzieło rzeźbiarza Bronisława Chromego, a po bokach prawosławne wizerunki świętych. Na mszach bywali tu ksiądz Henryk Jankowski, ksiądz Jerzy Popiełuszko i przywódca Solidarności Lech Wałęsa.

Na placu przykościelnym w 1991 roku odsłonięto pomnik Jana Pawła II, autorstwa profesora Gustawa Zemły, w 2006 roku w pobliżu stanął kamień-obelisk z wizerunkiem księdza Kazimierza Jancarza. Po ogłoszeniu stanu wojennego w Polsce 13 grudnia 1981 roku to właśnie ksiądz Kazimierz Jancarz został Duszpasterzem Robotników, a widząc ich rosnącą w parafii w Mistrzejowicach aktywność założył Duszpasterstwo Ludzi Pracy. Od 1984 roku odbywały się tu czwartkowe msze święte za Ojczyznę, które gromadziły tysiące wiernych.