Wnętrze nakryte jest sklepieniami krzyżowymi na gurtach, spływającymi na filary przyścienne, dźwigające wydatny przełamujący się gzyms. Łuk tęczy jest półkolisty z belką o ozdobnym wykroju z grupą ukrzyżowania na globie ziemskim, późnobarokową z XVII/XVIII w. Ołtarz główny jest klasycystyczny z lat 40. XIX w., z gotycką rzeźbą Matki Boskiej z Dzieciątkiem z XV w. oraz barokowym obrazem św. Józefa z XVIII w. na zasłonie. W antependium ołtarza wprawiony jest kurdyban z II ćw. XVIII w., przywieziony po bitwie pod Wiedniem w 1683 r. przez żołnierzy hetmana Stanisława Jabłonowskiego. Dwa wczesnobarokowe ołtarze są z 1618 r., pozostałe ołtarze zaś z XVIII w., ambona, chrzcielnica z końca XVII w. Rzeźby św. Otylii i Jadwigi Śląskiej są z 1470 r. i pochodzą z katedry wawelskiej.

W latach 2020-2022 r. w kościół przeszedł kompleksową konserwację i renowację w ramach projektu pn. "Zachowanie i wyeksponowanie wielokulturowego dziedzictwa ziemi muszyńskiej poprzez wykonanie prac remontowych, budowlanych i konserwatorskich barokowego kościoła w Muszynie" w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020.

Zakres projektu obejmował: 

- remont dachu
- remont elewacji i wątków zewnętrznych
- remont dzwonnicy i kapliczki
- przestrzeń komunikacyjna wokół kościoła
- roboty budowlano- konserwatorskie wewnątrz kościoła
- prace konserwatorskie - zabytki ruchome, w tym: 

1. konserwacja ołtarza głównego
2. konserwacja ołtarza bocznego północnego św. Józefa
3. konserwacja ołtarza bocznego południowego św. Jana Chrzciciela
4. konserwacja ołtarza bocznego w nawie św. Sebastiana
5. konserwacja ołtarza bocznego w nawie św. Serca Jezusa
6. konserwacja ołtarza bocznego w nawie św. Matki Boskiej Różańcowej
7. konserwacja ołtarza bocznego w nawie św. Jezusa Ukrzyżowanego
8. konserwacja ołtarza bocznego w nawie św. Antoniego Padewskiego
9. konserwacja belki tęczowej z grupą Ukrzyżowania
10. konserwacja ambony
11. konserwacja chrzcielnicy
12. renowacja obrazów: św. Anna Samotrzec, Uczta u Szymona, portret Biskupa Krakowskiego Andrzeja Załuskiego, portret Biskupa Krakowskiego Andrzeja Trzebnickiego.