Barokowy kościół dla zakonu, sprowadzonego do miasta w 1623 roku, zbudowano w 1626 roku. W latach 1650–1655 żupnik Sebastian Koszucki ufundował murowany klasztor na planie czworoboku z wewnętrznym wirydarzem, który z kościołem spłonął w 1718 roku. Trzy lata później został odbudowany.W czasie I wojny światowej klasztor znacznie zniszczono. W 1915 roku urządzono w nim magazyn wojsk rosyjskich. Później zajęła go armia austriacka. Po wojnie, w latach 1927–1928 dobudowano dwupiętrowy budynek nowicjatu, nadbudowano trzy skrzydła i zbudowano nowe skrzydło zachodnie, według projektu Michała Guzikowskiego. Wyposażenie wnętrza z połowy XVIII wieku jest dziełem zakonników, stolarzy i snycerzy. Drewniane ołtarze pochodzą z XVIII wieku. W ołtarzu głównym zachował się cenny, drewniany krucyfiks z XVIII wieku i figury świętych. Są tu też obrazy Michała Stachowicza z XVIII wieku i nowsze pędzla miejscowego malarza Stefana Chmiela. Polichromie w 1928 roku wykonał Jan Bukowski. Dużą czcią wiernych cieszy się obraz Matki Bożej Łaskawej, zwanej Księżną Wielicką lub Łaskawą Panią z Wieliczki. Na początku znajdował się w kapliczce świętego Antoniego z Padwy, patrona górników, stojącej na zboczu wzgórza przy drodze z Wieliczki do Krakowa. Według przekazu przywieźli go kupcy z Włoch lub Bałkanów i wymienili z górnikami za sól. Obraz przeniesiono do kościoła zaraz po jego wybudowaniu. Wizerunek, namalowany na kamiennej płycie z piaskowca w drugiej połowie XVI wieku przez nieznanego artystę szkoły włoskiej, od początku przyozdabiano wotami. W 1657 roku, w czasie najazdu wojsk Rakoczego odarto go z ozdób i zniszczono. W 1678 roku namalowano go prawie od nowa. A następnie przemalowano w latach 1878 i 1933. Pod koniec XVIII wieku złote i srebrne wota przetopiono w kosztowną ramę, w której obraz pozostaje do dziś. Na uwagę zasługują również klasztorne ogrody. Znajduje się tam Porcjunkula – wierna i jedyna w świecie kopia kaplicy pod wezwaniem Matki Bożej Anielskiej, którą święty Franciszek w XIII wieku otrzymał w darze od benedyktynów. Kaplica powstała w 2000 roku.

Świątynia O.O. Franciszkanów w Wieliczce to Kościół pw. Stygmatów św. Franciszka z Asyżu, ale- ze względu na wspaniały obraz Świętej Dziewicy- figuruje jako Sanktuarium Matki Bożej Łaskawej Księżnej Wieliczki. Sylwetki Św. Franciszka z Asyżu chyba nie trzeba nikomu przedstawiać. Przypomnimy tylko, że ten wielki Święty dokonał odnowy duchowej Kościoła w XIII w.