W 1688 roku biskup krakowski Jan Małachowski zezwolił trynitarzom ze Lwowa na osiedlenie się w Krakowie, na ziemi otrzymanej na Kazimierzu od starosty oświęcimskiego Józefa Adama Lubowieckiego. Budowę kościoła z zabudowaniami klasztornymi rozpoczęto w 1741 roku według projektu Franciszka Placidiego. Z powodu braku funduszy prace przerwano po dwóch latach, a wznowiono w 1751 roku. Kościół konsekrowano w 1758 roku. Po kasacie zakonu przez władze austriackie w 1796 roku, w kościele urządzono wojskowy magazyn. W 1812 roku, na mocy dekretu księcia warszawskiego Fryderyka Augusta, kościół przejęli bonifratrzy, zakon szpitalny założony w XVI wieku w Hiszpanii przez świętego Jana Bożego. Bonifratrzy do dziś opiekują się chorymi, prowadzą szpitale i przychodnie, domy opieki, apteki i zajmują się ziołolecznictwem. 

Kościół jest jednonawowy z rzędem bocznych kaplic otwartych do nawy smukłymi przejściami. Wnętrze nawy i kaplic zdobią jednolite stylowo, późnobarokowe sztukaterie i iluzjonistyczne polichromie z lat 1757–1758, nawiązujące do historii trynitarzy – wykup jeńców chrześcijańskich z rąk tureckich, dzieła Józefa Piltza z Moraw i braci zakonnych. Dawniej wszystkie ołtarze były polichromowane. Dzisiejszy pseudobarokowy i malowany ołtarz główny pochodzi z lat 40. XX wieku. Umieszczono w nim obraz świętego Jana Bożego nieznanego artysty z krakowskiej pracowni, przykryty srebrnymi sukienkami z początku XIX wieku.

Obok kościoła znajduje się pieszo-rowerowa kładka na Wiśle – „Bernatka”. Nazwę zawdzięcza zakonnikowi Laetusowi Bernatkowi, zasłużonemu dla budowy szpitala bonifratrów w Krakowie.