Właściciel Tarnowa Jan Amor Tarnowski sprowadził do miasta bernardynów i w 1459 roku ufundował drewniany klasztor. W latach 1468–1499 na jego miejscu, w ogrodach na zewnątrz muru miejskiego, zbudował murowany bernardyński zespół klasztorny otoczony murem obronnym z bramą i furtami, składający się z gotyckiego, jednonawowego kościoła Matki Bożej Śnieżnej, trzech piętrowych skrzydeł klasztornych z wirydarzem pośrodku i budynków gospodarczych. We wnętrzu prezbiterium od nawy oddzielało silne przewężenie. Z zewnątrz prezbiterium opięto przyporami. Po 1530 roku hetman Jan Tarnowski umocnił klasztor bastejami, fosą i ziemnymi nasypami, dzięki czemu przetrwał on w niezmienionym kształcie do 1820 roku. Kościół spłonął w 1614 roku, odrestaurowano go w latach 1620–1626. W 1654 roku na cmentarzu przyklasztornym zbudowano podziemną kaplicę Więzienia Chrystusa. W XVII wieku do nawy dobudowano barokową kaplicę Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, wzniesiono wieżę zegarową i karcery dla pokutników, remontowano klasztor i kościół. W 1789 roku władze austriackie zlikwidowały klasztor, a zakonnicy przenieśli się do opuszczonego klasztoru bernardynek. Na przełomie XVIII i XIX wieku klasztor wykorzystywano na cele mieszkalne, szkolne, wojskowe, w 1809 roku była w nim prochownia. Po pożarach kompleks w latach 1823–1825 gruntownie przebudowano, zlikwidowano fortyfikacje Tarnowskiego. W kościele podzielonym na trzy piętra miały siedzibę sądy szlacheckie (Forum Nobilium), w nawie urządzono salę rozpraw, wyburzono przypory, dodano klasycystyczne elewacje. W 1942 roku zewnętrznej ścianie prezbiterium przywrócono gotycki wygląd. Przy przedłużaniu ulicy wyburzono boczne skrzydła klasztoru, w pozostałym skrzydle umieszczono więzienie. Po kolejnym remoncie kościoła, w latach 1931–1960 był w nim magistrat, później inne instytucje, a na parterze od 1964 roku kaplica kościoła polskokatolickiego pw. Podwyższenia Krzyża Świętego. Jest to piętrowy budynek wyglądający na klasycystyczny  z umieszczoną w jego naczółku datą: 1823. Za nim zaś, po południowej jego stronie ciągnie się wysoki na kilka metrów ceglany mur obronny z widocznymi zarysami zamurowanych strzelnic i gniazdami belek ganków straży. Podobny mur znajduje się też po północnej stronie dawnego kościoła.

Dr Rafał Nijak zajmując się dziejami zespołu klasztornego przeprowadził w 2013 roku badania, których rezultatem było odkrycie fragmentów polichromii, zajmujących powierzchnię ok. 3 metrów kwadratowych. Najstarsze fragmenty mogą pochodzić z XVI bądź XVII wieku.
Skutkiem prowadzonych badań było też odnowienie żelaznych skrzydeł drzwiowych, które być może wykonane zostały już w XVI stuleciu. 

W kościele zwraca uwagę dawne prezbiterium o nieotynkowanych ścianach zewnętrznych, wzniesione z tzw. zendrówki, cegły glazurowanej – najcenniejszy zachowany fragment gotycki. Zachowały się na nich niewyraźne fragmenty polichromii malowanej, rzadko w kraju spotykanej.