Der Entwurf der Kirche im postmodernistischen, symbolischen Stil verbindet Barock mit Elementen der Architektur des Petersdoms und der römischen Triumphbögen. Sie knüpft an die Gebäude in Wadowice, Kraków und Rom an und symbolisiert Karol Wojtylas Aufstieg zum Stuhl Petri. Mit dem Bau wurde 1984 begonnen. Der Grundstein wurde 1988 von den Toren des Petersdoms im Vatikan gelegt, und die Arbeiten wurden 1991 mit der Einweihung durch Papst Johannes Paul II. abgeschlossen. 
Das Herzstück der Kirche bildet der Hauptaltar mit einer Kopie des Freskos von Perugino aus der Sixtinischen Kapelle. Davon fließen zwei Bänder aus rotem Marmor herunter, die sich auf dem Boden mit dem aus roten Fliesen eingezeichneten Umriss des Petersplatzes mit der Stelle des Attentats verbinden. Die roten Bänder symbolisieren das „Blut“, das Johannes Paul II. während des Attentats vergoss. Außerdem wurde eine Gedenktafel mit dem Datum des Attentats (13. Mai 1981) an der Wand angebracht. Darüber hinaus gibt es in der Kirche zwei Seitenaltäre: den Altar der Göttlichen Barmherzigkeit und den verehrten Altar Unserer Lieben Frau von Fatima. Die Buntglasfenster zeigen Szenen, die sich auf die Erscheinungen von Fatima beziehen. 
Hinter der Kirche, auf einer Anhöhe wurde 2003 ein Weg nach dem Vorbild von Golgatha angelegt. Entlang des Weges sind Kreuzwegstationen, Tafeln mit dem Dekalog und den acht Segnungen aufgestellt, und auf Golgatha ein Missionskreuz. Vor der Kirche wurde eine Statue von Johannes Paul II. – ein Werk des italienischen Künstlers Luciano Minguzzi aufgestellt. Seitlich befindet sich eine 1986 von Kardinal Franciszek Macharski geweihte Kapelle, und auf der anderen Seite ein Glockenturm mit drei Glocken.