Zahlreiche Brände, die Nowy Targ heimgesucht hatten, wie auch eine Invasion schwedischer Truppen haben die Kirche nicht verschont. Sie wurde mehrfach umgebaut und renoviert. Während eines Brandes 1601 wurde der hölzerne Teil des Gotteshauses vollkommen zerstört. Bereits 1605–1655 erfolgte der Wiederaufbau, der das Aussehen des Bauwerks veränderte. Damals wurde das gemauerte Kirchenschiff errichtet und der Kirchturm erhielt einen Barockhelm. 1634 bauten die Einwohner von Nowy Targ an die Kirche die der Heiligen Jungfrau Maria vom Rosenkranz geweihte Kapelle an. Weitere Veränderungen der Architektur des Gotteshauses traten im 18. Jahrhundert ein. Damals entstanden die Vorhalle, der Glockenturm und zwei Portale. Die Innenausstattung der Kirche ist im Barockstil gestaltet. Teil des Hauptaltars ist ein Gemälde der Heiligen Katharina aus dem 19. Jahrhundert. Beachtung schenken sollte man ebenfalls dem Seitenaltar am Altarraum. Er stammt aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts und ist mit einem die Verklärung des Herrn darstellenden Bild versehen. In der Kirche kann man auch eine barocke Kanzel bewundern, die mit Figuren der Evangelisten verziert ist.