Die Sammlung des Museums entsteht seit dem 19. Jahrhundert, unter anderem dank den Schenkungen der Stadtbevölkerung. Eine dieser Schenkungen war beispielsweise die Światowid-Statue aus Zbrucz, die heute das Wahrzeichen des Krakauer Museums ist. Infolge der eigenen archäologischen Ausgrabungen hat das Museum ihre Sammlung auch systematisch um weitere Schätze erweitern können. Unter den wertvollsten Exponaten findet man eine Sammlung aus altem Ägypten, darunter Sarkophage und Mumien, auch Tier- und Getreidemumien, die die lebensspendende und immer wieder neu geborene Kraft der Natur symbolisieren. Im Rahmen der Ausstellung zur Vorgeschichte und Frühmittelalter in Małopolska findet man Erzeugnisse aus Mammutbein und Knochen, die in der Mamutowa-Höhle gefunden worden waren. Für die Besucher wird sicherlich das Hügelgrab eines Hunnenkriegers interessant sein, der in Jakuszowice bei Kazimierza Wielka bestattet worden ist. Es handelt sich dabei um eine sehr interessante Bestattung eines jungen Mannes aus dem 5. Jahrhundert, mit sehr wertvollen, reich verzierten Grabbeigaben, darunter Waffen und Kleidung. Es lohnt sich auch, die Geheimnisse des Schatzes von Nowa Huta und die schönen und exotischen Stoffe aus Peru zu entdecken. Das Museum ist von einem schönen Garten umgeben, in dem man gut entspannen kann.