Aufbewahrt werden dort die alten Sammlungsbestände der Universität (Kunstwerke und Erinnerungsstücke) sowie eine umfangreiche Sammlung an wissenschaftlichen Instrumenten. Die Dauerausstellung umfasst die historischen Räumlichkeiten wie die Libraria (Bibliothek), Stuba Communis (ehemaliger Speisesaal), Schatzkammer, Professorenzimmer, Aula (mit wertvoller Gemäldesammlung). Dauerhaft verfügbar ist auch eine interaktive Ausstellung mit dem Titel: Alte und nicht so alte Wissenschaften. Die Sammlung der wissenschaftlichen Instrumente des Museums der Jagiellonenuniversität umfasst rund 2000 Objekte, darunter Exponate aus den meisten wissenschaftlichen Bereichen. Das wertvollste Objekt ist der Jagiellonen-Globus von ca. 1508, auf dem das erste Mal Amerika dargestellt wurde. Die Gemäldesammlung zählt über 1400 Bilder - das älteste stammt aus dem ausgehenden 15. Jh., bei den jüngsten handelt es sich Bildnisse der Professoren der Jagiellonenuniversität. Das Museum verfügt über eine umfangreiche Skulpturensammlung mit über 1000 Objekten, einen Großteil bilden dabei mittelalterliche Skulpturen aus dem Gebiet Małopolska und Schlesien sowie Werke aus der Neuzeit, darunter auch von zeitgenössischen Künstlern. Das Museum versammelt in seinen Beständen ca.