An der Stelle einer Vorgängerkirche aus Holz aus dem 14. Jahrhundert, die 1407 niederbrannte, wurde eine neue gotische gemauerte Kirche erbaut, die vom König Władysław Jagiełło gestiftet wurde, der sie 1418 der Krakauer Akademie unterstellte. Im 15. Jahrhundert wurde der Chorraum ausgebaut und ein Professor der Akademie – Johannes von Krakau wurde in der Kirche beigesetzt. Seine sterblichen Überreste wurden 1549 in ein Renaissance-Grabmal verlegt. Im 17. Jahrhundert, nach der Seligsprechung von Johannes von Krakau wurde die alte Kirche 1689 abgerissen. An ihrer Stelle wurde zwischen 1689 und 1703 eine größere Barockkirche nach Entwurf von Tilman van Gameren erbaut, die gestalterisch an die Kirche San Andrea della Valle anknüpft. Die Bauarbeiten wurden auch von einem italienischen Architekten – Francisco Solari geleitet. 

Die Fassade wurde schräg in eine schmale Straße integriert, die mit der Stadtmauer verschlossen war. Die zweigeschossige Fassade weist zwei Türme mit spätbarocken Helmen auf. Die Kirche wurde auf dem Grundriss eines lateinischen Kreuzes erbaut, mit einer Kuppel mit Laterne über der Vierung und einem Kranz von Kapellen, die durch Gänge miteinander verbunden sind. Der reiche barocke Skulpturenschmuck stammt von Baldassare Fontana und die Wandmalereien von den Brüdern Carlo und Innocenti Monti aus Italien und von Karol Dankwart. Die Kanzel mit dem Engel wurde 1727 von Antoni Frąckiewicz geschnitzt, das Taufbecken aus der alten Kirche wurde 1646 von Jakub Erlicher gegossen. 1822 wurde in der Kirche die erste klassizistische Statue von Nikolaus Kopernikus in Polen aufgestellt, die von Pater Sebastian Sierakowski entworfen wurde. Auf der Chorempore befindet sich ein spätbarocker Orgelprospekt aus den Jahren 1723-1724 mit der einzigen Orgel der Stadt, deren Klang noch wie in den Zeiten von Johann Sebastian Bach ist. Im Ziborium mit dem Altar aus den Jahren 1695-1703 und Gemälden, die Szenen aus dem Leben des Heiligen Johannes von Krakau darstellen, befindet sich ein Sarg mit den sterblichen Überresten des Heiligen und seiner 1875 von Franciszek Wyspiański in Marmor gemeißelten Büste. 

Der Bischof Karol Wojtyła zelebrierte hier zahlreiche Messe, hielt Exerzitien, traf sich mit Studenten und nahm den Gläubigen die Beichte ab.