Die Kirche wurde an einem alten Handelsweg gebaut, der von Kraków nach Sandomierz und weiter nach Osten, nach Ruthenien und in die Ukraine führte. Interessanterweise wird der Heilige Nikolaus in der Ostkirche als Schutzpatron der Rus und der Reisenden verehrt. Die Kirche wurde zum ersten Mal in der 1. Hälfte des 13. Jahrhunderts urkundlich erwähnt. In einer päpstlichen Bulle von 1229 wird sie als Eigentum der Benediktiner von Tyniec aufgeführt. 1467 schenkte der Orden die Kirche der Krakauer Akademie.

Das ursprünglich romanische Gebäude wurde nach einem Brand 1376 im gotischen Stil umgebaut. Die während der Belagerung der Stadt durch die Schweden niedergebrannte Kirche wurde in den Jahren 1677-1682 wieder aufgebaut. Die heutige Kirche weist schlichte, barocke Formen auf, abgesehen von dem gotischen, polygonal geschlossenen und mit Strebepfeilern verstärkten Chorraum, der die Überbleibsel des Vorgängerbaus verbirgt.

Im dreischiffigen Innenraum fällt unter der aus dem 16. bis 18. Jahrhundert stammenden Einrichtung das spätgotische Altar-Pentaptychon mit der Darstellung der Szene der Krönung der Gottesmutter auf – ein großartiges Werk der Krakauer Malschule aus dem späten 15. Jahrhundert. Wertvoll sind auch das bronzene Taufbecken von 1536, ein Grabstein aus weißem Marmor aus der Spätrenaissance und das gotische Stufenportal in der Sakristei.

Auf dem ehemaligen Friedhof an der Kirche steht die einzige, gotische Statue dieser Art in ganz Kraków aus dem 14. Jahrhundert, die sogenannte Totenlaterne. Im Mittelalter wurden solche Laternen vor allem vor Krankenhäusern, Pflegeheimen, Leprosorien und Friedhöfen aufgestellt, also überall dort, wo man sich mit einer Krankheit anstecken konnte. Diese Laterne stand früher vor dem Leprosorium der St. Valentinskapelle in Kleparz und wurde 1871 auf das Kirchengrundstück verlegt. Ein weiteres ungewöhnliches Objekt ist das Chatschkar – ein aus Stein gehauenes Kreuz, das in der armenischen Kultur traditionell an wichtige historische Ereignisse und an die Toten erinnert. Das Krakauer Chatschkar erinnert an die Armenier, die seit dem 14. Jahrhundert in Polen leben. Das Mahnmal dient auch dem Gedenken an die Opfer des Völkermordes, der 1915 an 1,5 Millionen Armeniern in der Türkei begangen wurde.

In der Kirche werden Messen im armenischen Ritus gefeiert. Die Kirche ist auch ein Sanktuarium der seligen Hanna Chrzanowska, deren Confessio mit einem Reliquienschrein sich im Seitenschiff befindet.