Die Kirche wurde 1263 vom Herzog Boleslaw dem Schamhaften gegründet und war bis Anfang des 19. Jahrhunderts mit den aus Prag kommenden Augustinermönchen verbunden, die in Kraków als „Marki“ bekannt waren. Der Bau der zweischiffigen Hallenkirche mit dem verlängerten Chorraum wurde 1295 begonnen und im 14. und 15. Jahrhundert fortgesetzt. Die Kirche brannte 1397 nieder, wurde 1443 durch ein Erdbeben zerstört und später durch mehrere Brände beschädigt. Immer wieder wurde die Kirche wiederaufgebaut. 1617 baute der Maurer Krzysztof Żelazko den Turm und die Vorhalle an. 1621 wurde das Hallenschiff in drei Schiffe aufgeteilt, 1647 wurde der Chorraum umgebaut; der Turmsockel wurde ausgebaut und die Kapellen eingerichtet.  Nach dem Brand von 1724 wurde die Kirche umfangreich restauriert. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurden die Kirche und das Kloster von den österreichischen Beamten übernommen. 1807 wurde hier ein Heim für Priester im Ruhestand eingerichtet. 1841 und zwischen 1894 und 1896 wurde sie durch die Bemühungen des Pfarrers Wawrzyniec Centt restauriert. Zwischen 1936 und 1938 wurde ein Teil des Klosters abgerissen. 1961 gründete Karol Wojtyła hier das Theologische Michał-Giedroyc-Institut, nahm das Gotteshaus unter seinen Schutz und stiftete einen Altar. Eine weitere Restaurierung fand zwischen 1972 und 1974 statt.

Die Kirche hat ihren gotischen Charakter und die frühbarocke Ausstattung bewahrt. Sie ist eine dreischiffige Basilika mit einem viereckigen Turm, mit Emporen über den Seitenschiffen und einem verlängerten, dreiseitig geschlossenen Chorraum. An der Außenwand der Kirche befindet sich eine Nische mit einer Kopie einer gotischen Kreuzigungsgruppe aus dem 15. Jahrhundert. An das Kirchenschiff schließt sich eine Kapelle der Muttergottes von Tschenstochau mit einem Madonnenbild an. Der Hauptaltar aus Holz von 1618 stammt aus der Werkstatt des Schnitzers Baltazar Kuncz. Die Statue eines Engels im Chorraum wurde von Baldassare Fontana angefertigt. Bemerkenswert ist die herzförmige Kanzel mit einem Kreuz, den Symbolen des Ordens. Ein gotisches Spitzbogenportal führt in das „Giedroycianum“, in die Kapelle und Räume, die dem seligen Mönch Michał Giedroyc gewidmet sind. Hier findet man historische Erinnerungsstücke, die an den Orden erinnern, ein Triptychon im Stil der Gotik und Renaissance von 1520 und die Kapelle der Muttergottes von Giedroyc mit einem Madonnenbild aus den Jahren 1450-1460.