Die Kapuziner – ein Orden, der ein reformierter Zweig des Ordens der Franziskaner (daher der Eigenname Orden der Minderen Brüder Kapuziner) ist, verdankt seine Ansiedlung in Polen dem König Johann III. Sobieski. Der Herrscher wandte sich an den Papst mit Bitte um die Erlaubnis, die Mönche in Polen anzusiedeln. Der Papst Innozenz XI. gab Sobieskis Bitte 1680 statt, vermutlich in Folge des Beitritts Polens zur Allianz gegen die Türken, und genehmigte die Gründung von zwei Hospizen in Warszawa und Kraków. 1694 wurde der Bau eines Klosters und einer Kirche in Kraków beschlossen. Die Mittel für den Bau wurden von zahlreichen Spendern bereitgestellt, insbesondere von Wojciech Dembiński, Fähnrich von Zator und Oświęcim. 
Die Kapuziner kamen 1695 nach Kraków, und ihre Kirche wurde bis 1703 im Stil des toskanischen Barocks erbaut. Das Gotteshaus umfasst ein Kirchenschiff, zwei seitliche Kapellen und einen rechteckigen Chorraum. Die einfache Fassade wird von einem dreieckigen Giebel gekrönt, der mit mehreren Pilastern und einem elliptischen Fenster verziert ist. Im Hauptaltar befindet sich ein Gemälde der Verkündigung von 1701 von Pietro Dandini aus Florenz, das den Kapuzinern vom Herzog der Toskana, Cosimo III. de Medici, geschenkt wurde. In der Säule am Altar wurde eine Kanonenkugel eingelassen, die während der Bar-Konföderation 1768 in die Kirche fiel. In den Seitenaltären von 1775 sind die Statue des Heiligen Josef mit dem Kind von Tadeusz Błotnicki von 1903, das Vorhangbild des Barmherzigen Christi vor dem Hintergrund des niederbrennenden Warszawa – ein Werk von Adolf Hyła von 1944, das Bild des Heiligen Erasmus von 1763 und die Muttergottes vom Tor der Morgenröte (Matka Boska Ostrobramska), die nach dem Zweiten Weltkrieg aus den östlichen Grenzgebieten (Kresy) gebracht wurde, zu sehen. In der Kapelle des gekreuzigten Jesu befindet sich ein wundertätiges Kruzifix. 
Neben dem Kloster steht ein in den Jahren 1712 und 1719 erbautes Loretohaus – eine Kopie der Kapelle in Loreto, Italien. Der Legende nach war das das Wohnhaus von Maria, das von den Engeln von Nazareth nach Italien getragen wurde. In der Kirche und im Kreuzgang des Loretohauses sind Gedenktafeln und Epitaphien angebracht, die an die Opfer der Kriege und an bedeutende Militärs und Wissenschaftler erinnern. Sie wurden hier aufgestellt, weil die Kapuziner als Kapläne dienten und vom Kościuszko-Aufstand bis zum Ausbruch des Ersten Weltkriegs die Kämpfe begleiteten. Hier ließ Tadeusz Kościuszko während des Aufstands von 1794 seinen Säbel weihen, woran eine Gedenktafel von Alfred Daun erinnert. Vor dem Kloster befindet sich das Grab der 1768 gefallenen Konföderierten von Bar, an dem ein 1993 aufgestelltes Kreuz mit einer Gedenktafel erinnert. Im Innenhof steht eine Statue des Heiligen Paters Pio von 1999.