Die erste im 12. Jahrhundert von Bischof Pełka gestiftete Kirche wurde 1244 vom Orden der Hospitaliter vom Heiligen Geist übernommen, der dort ein Krankenhaus betrieb. Bei Betrachtung der Geschichte dieser Kirche darf man den Großbrand von 1528 nicht außer Acht lassen, der das gesamte Innere der Kirche und einen Teil ihres Tragwerks komplett zerstörte. Damals stürzte das Gewölbe im Chorraum ein, das schnell wieder aufgebaut wurde.

Die Kirche ist ein klassischer, sehr einfacher gotischer Bau, der aus einem quadratischen Backsteinschiff und einem kleineren, rechteckigen Chorraum aus Naturstein aus dem späten 13. oder frühen 14. Jahrhundert besteht. Über der Westfassade erhebt sich ein sechsstöckiger quadratischer Turm, an dem sich im Erdgeschoss zwei Kapellen anschließen. Die Kirche wurde zweimal grundlegend renoviert, zum ersten Mal in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts und danach noch am Ende des 19. Jahrhunderts.

Interessant ist, dass Stanisław Wyspiański an der Rekonstruktion der Wandmalerei tätig war. Der Künstler wollte die fehlenden Teile der Wandmalereien mit seinen eigenen Fresken vervollständigen. Leider konnte er seine ehrgeizige Idee nicht verwirklichen und beendete verärgert seine Zusammenarbeit mit dem Architekten Tadeusz Stryjeński.

Bemerkenswert sind die am Turm angebauten Kapellen: die St.-Andreas-Kapelle aus dem 16. Jahrhundert und die Kapelle der Muttergottes von Loretto von 1642. Im Inneren der Kirche ist ein ungewöhnliches Gewölbe des Schiffes zu sehen, das von einer einzigen zentralen Säule getragen wird, die den biblischen Lebensbaum symbolisiert. Rechts hinter dem Eingang ist ein Lavabo (Waschbecken für Priester) von 1581 zu sehen, das aus der Heiliggeistkirche stammt und heute als Weihwasserbecken dient. Der Hauptaltar stammt aus dem frühen 18. Jahrhundert und beherbergt ein Kreuz aus dem 17. Jahrhundert. Auf der linken Seite des Kirchenschiffs befindet sich der Altar der Heiligen Anna mit einem zentralen Gemälde mit Darstellung der Lehre Mariens aus der Zeit um 1650. Auf der rechten Seite befindet sich ein Altar der Muttergottes von 1630. In der St.-Sophie-Kapelle befinden sich einer der ältesten in Kraków erhaltenen Beichtstühle aus der Spätrenaissance vom Ende des 16. Jahrhunderts und ein Taufbecken von 1423.

Bis 1891 war die Kirche von einem Pfarrfriedhof, den Klostergebäuden des Ordens des Heiligen Geistes und dem Hospital des Heiligen Geistes umgeben. Weder der Friedhof noch die später abgerissenen Gebäude sind bis heute erhalten geblieben.