Die Idee dieses neuen Pantheons wurde 2009 ins Leben gerufen, als sich die Pauliner von der Idee des Ausbaus der Krypta der Verdienten in der Kirche „auf Skałka“ zurückzogen. Die Idee stammt von Professor Franciszek Ziejka, dessen Initiative sowohl von akademischen Kreisen als auch von den Verwaltungs- und Kommunalbehörden der Stadt Kraków und der Woiwodschaft Małopolska aufgegriffen wurde. Das Pantheon soll in den umgebauten Krypten der Barockkirche, die mit einem neuen Gebäude im Innenhof der Kirche verbunden werden, eingerichtet werden. Zurzeit erreicht man das Pantheon durch einen Eingang in der Kirche, nach dem Umbau werden der Ein- und Ausgang unabhängig. Der erste Teil der Anlage wurde 2012 anlässlich des 400. Todestages des Paters Piotr Skarga eröffnet.

Für die Einrichtung und die Verwaltung des Pantheons ist die Stiftung Nationales Pantheon zuständig, die von elf öffentlichen Krakauer Hochschulen, der Polnische Akademie der Gelehrsamkeit und der Erzdiözese Kraków ins Leben gerufen wurde. Über die Aufnahme ins Pantheon entscheidet das Pantheon-Kapitel.

Vor der Einrichtung des Pantheons wurden hier die folgenden Personen beigesetzt: Jesuit Piotr Skarga (1612), Bischof Andrzej Trzebicki (1679) und Graf Witold Szeliga Bieliński (1833). Nach der Einrichtung des Pantheons wurden hier die weiteren Personen beigesetzt: Dramatiker und Prosaiker Sławomir Mrożek (2013), der Dichter Adam Zagajewski (2021), der Bischof Tadeusz Pieronek (2019), der Komponist Krzysztof Penderecki (2022), die Professoren der Jagiellonen-Universität Karol Olszewski (1915) und Zygmunt Wróblewski (1888) sowie die Mathematiker und Kryptologen, die die Enigma-Chiffre knackten – Marian Rejewski (1980), Jerzy Różycki (1942) und Henryk Zygalski (1978).

Die Kirche St. Peter und Paul ist die erste in der Stadt gebaute Barockkirche, die an der Stelle einer gotischen Vorgängerkirche errichtet wurde, die 1455 abgebrannt war. Die neue Kirche für die Jesuiten, die sich hier 1583 niederließen, wurde ab 1596 von Giuseppe Brizio nach einem Entwurf von Giovanni de Rossis gebaut und zwischen 1605 und 1619 von Giovanni Trevano aus der Lombardei vollendet. Nach seinen Entwürfen wurden die Fassade, die Kuppel und die Innenausstattung nach dem Vorbild barocker römischer Jesuitenkirchen gebaut. Nach der Auflösung des Klosters 1773 übergab die Kommission für nationale Bildung die Kirche an die Universität Kraków und 1786 an die Zisterzienser von Mogiła. In den Jahren 1809 bis 1815 diente die Kirche als eine orthodoxe Kirche, ab 1830 wieder als eine katholische Kirche.