Ihren aktuellen Namen trägt die Jagiellonen-Universität seit 1817 als Erinnerung an die Rolle der Jagiellonen-Dynastie bei deren Gründung. Die turbulente Geschichte Polens hat auch diese Universität stark geprägt. Die Massaker an ihren Lehrkräften im 2. Weltkrieg, die Aufteilung in kleinere Stellen, sowie die Auflösung einiger Fakultäten haben die Organisation und die Tätigkeit der Universität stark beeinträchtigt. Erst seit 1989 genießt die Universität eine umfassende, ihr zustehende Autonomie. 1993 ist auch die medizinische Akademie in Form von Collegium Medicum in die Struktur der Universität eingegliedert worden.

Zu ihren berühmtesten Absolventen gehören sowohl prominente Politiker, für die polnische Geschichte verdiente Persönlichkeiten, als auch herausragende Wissenschaftler von Weltrang, wie beispielsweise Jan Kochanowski, Jan Długosz, Jan III Sobieski, Mikołaj Kopernik, Stanisław Wyspiański, Bronisław Malinowski, Roman Ingarden, Karol Wojtyła oder Wisława Szymborska.

Zurzeit sind an der Jagiellonen-Universität rund 4000 Mitarbeiter/-innen beschäftigt und rund 40 Tsd. Studierende aus der ganzen Welt eingeschrieben. Diese werden durch den Rang der Universität und durch die außergewöhnliche Stadt Kraków angezogen.

Die Gebäude und Säle von Collegium Maius und Collegium Novum gehören zum Pflichtprogramm für jeden Besucher der Stadt. Hier kann man die Majestät der Universität erleben und die Atmosphäre spüren, in der die höchsten intellektuellen Kreise der Geschichte gearbeitet haben. Im Collegium Maius ist heute das Museum der Jagiellonen-Universität mit unschätzbaren Artefakten, wie wissenschaftliche Instrumente, Gemälde, Skulpturen, Grafiken, Zeichnungen, Aquarellmalerei, Goldschmiedewaren, Keramik, Textilien usw. untergebracht. Der 1783 durch die Nationalen Bildungskommission an der Straße ul. Kopernika 27 gegründete botanische Garten der Jagiellonen-Universität ist ein für jeden zugänglicher Ort zum Lernen und Entspannen.