Małopolska to również jeziora i rzeki wyróżniające się wyjątkową malowniczością. Najpiękniejszy i najbardziej znany jest pieniński przełom Dunajca, stanowiący popularny szlak wodny. Można go pokonać na tratwach flisaków, choć bardziej zaawansowani i rządni przygód zapewne wyruszą na niego kajakiem górskim.

Do wyjątkowo pięknych należy również przełom Popradu w Beskidzie Sądeckim. Malowniczości i atrakcyjności turystycznej trudno też odmówić jeziorom zaporowym. Choć stworzone ręką człowieka, doskonale wpisują się w krajobraz, a plaże, wypożyczalnie sprzętu wodnego i inne udogodnienia pozwalają na spędzenie miłych chwil nad wodą.