Kościół wygląda dziś mało imponująco – to niewielka budowla złożona z prezbiterium (części przeznaczonej dla duchownych, mieszczącej ołtarz) i nawy (części przeznaczonej dla wiernych). Podparte skarpami mury o nieregularnych kształtach nadają mu niecodziennego charakteru, nie dając jednak żadnych wskazówek odnośnie najstarszych jego losów.

Kościół jest najmniejszą i zarazem jedną z najstarszych świątyń Krakowa. Badania archeologiczne dowodzą, że istniała tu rotunda, datowana na X wiek. Niepozorny kościółek znajduje się na zboczu wzgórza Lasoty w sąsiedztwie Kopca Krakusa, który prawdopodobnie był miejscem pogańskiego kultu. Można więc przypuszczać, że kościół miał pełnić funkcję ewangelizacyjną na tym terenie.

Świątynia została wybudowana w XII wieku. Pierwsza pisana wzmianka o niej pochodzi z 1254 roku. Została zbudowana z kamienia w stylu romańskim. Następnie kościół został odnowiony w XVI wieku przez księdza Mikołaja Drozdowskiego. W XVII wieku pieczę nad świątynią sprawował zakon z klasztoru świętego Ducha.

Podczas prowadzonych współcześnie prac archeologicznych odkryto kilkadziesiąt pochówków na zewnątrz i wewnątrz kościółka, pochodzących z różnych okresów. Najstarsze groby nie posiadają trumien, więc zmarłych prawdopodobnie chowano w całunach.

Obecnie dla wiernych i zwiedzających kościół świętego Benedykta jest zamknięty. Można go zwiedzać jedynie w każdą sobotę czerwca, lipca, sierpnia i września.