W 1910 roku, po przyłączeniu Dębnik do Krakowa, prezydent Juliusz Leo z Radą Miejską postanowili o budowie parafialnego kościoła dla dzielnic po prawej stronie Wisły. W 1918 roku arcybiskup krakowski Adam Sapieha wydzielił nową placówkę duszpasterską obejmującą między innymi dzielnicę Dębniki i powierzył ją Towarzystwu Salezjańskiemu.

W 1920 roku zbudowano drewniany kościół, a gdy stał się za mały dla wiernych, w 1929 roku postanowiono zbudować nowy, który wzniesiono w latach 1932–1938 według projektu architekta Wacława Krzyżanowskiego, autora projektów między innymi gmachu Akademii Górniczo-Hutniczej i Biblioteki Jagiellońskiej. W konsekracji kościoła brał udział student polonistyki Karol Wojtyła, który latem 1938 roku mieszkał na Dębnikach w domu wuja Feliksa Kaczorowskiego. Następnie w latach 1938–1944 zamieszkał na terenie parafii. W 1946 roku odprawił tu swoją pierwszą mszę z udziałem wiernych, a dnia 17 sierpnia 2002 roku odwiedził świątynię jako papież Jan Paweł II.

Jest to świątynia modernistyczna, jednonawowa na planie krzyża łacińskiego. Nawę od płasko zamkniętego prezbiterium oddziela transept, a nad jego przecięciem z nawą wznosi się dominująca nad budowlą wieża-dzwonnica wysokości 45 metrów, przykryta ażurową kopułą zwieńczoną krzyżem. Okna zdobią witraże, a filary mozaiki z początku lat 80. XX wieku.