Pierwsze schronisko na tym miejscu powstało w 1906 roku, staraniem Hugona Zapałowicza, było systematycznie rozbudowywane i remontowane – w latach 1922, 1925, 1926, 1931, 1934, 1964. W styczniu 1945 roku uratował je przed spaleniem przez wycofujących się Niemców gospodarz Rudolf Wielgus. Po wojnie schronisko przeszło w ręce Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego, a potem Polskiego Towarzystwa Turystyczno – Krajoznawczego. W 1966 roku z inicjatywy Edwarda Moskały wzniesiono na Markowych Szczawinach Muzeum Turystyki Górskiej, maleńki domek na kształt pierwszego schroniska, wypełniony po brzegi eksponatami. Opodal, na dawnym grobie zabitego partyzanta, postawiono krzyż z wbudowaną figurynką Madonny, tą samą, którą Zapałowicz umieścił w 1906 roku w nyży schroniskowej werandy. W 2006 roku odbyły się uroczystości 100 – lecia schroniska Markowe Szczawiny, w czasie których wmurowano kamień węgielny pod budowę nowego schroniska. Stare niestety nie nadawało się do remontu, zostało ostatecznie rozebrane w 2007 roku. W 2010 roku nowy obiekt, powstały na miejscu dawnego schroniska, przyjął pierwszych turystów.

W budynku obok schroniska znajduje się Babiogórski Ośrodek Historii Turystyki Górskiej na Markowych Szczawinach, dawniej mieszczący dyżurkę GOPR (z 1950 roku).

W schronisku panuje niezapomniany klimat i doskonałe warunki do wypoczynku. Bazę noclegową stanowią przytulne pokoje o zróżnicowanym standardzie. Do dyspozycji gości jest 40 miejsc noclegowych w 2, 3, 4, 6, 8 i wieloosobowych pokojach. Pokoje 2 i 3 osobowe mają oddzielne łazienki. Po wyczerpaniu miejsc można spać „na glebie”. Schronisko jest w pełni przystosowane dla osób niepełnosprawnych.

Zgłodniałych turystów ugości bufet, w którym można kupić napoje, słodycze, mapy, pamiątki oraz ciepłe posiłki. W ofercie spory wybór dań barowych i obiadowych. Warto spróbować żurku lub kwaśnicy z żeberkiem, a na deser fenomenalnej szarlotki. Do dyspozycji gości jest kuchnia turystyczna, a w niej wrzątek nieodpłatnie całą dobę, kuchenka mikrofalowa oraz miejsce do przygotowania własnego posiłku.

Dla bardziej muzykalnych piechurów do wypożyczenia dostępna jest również gitara, która idealnie wypełni wieczór muzyką i śpiewem przy ognisku lub w murach schroniska. Dla tych, którzy chcieliby pochwalić się swoimi zdjęciami ze szlaku, bądź oglądnąć ciekawy film jest możliwość skorzystania z rzutnika i sprzętu multimedialnego (głośniki, laptop). Dla młodszych turystów, ale i nie tylko, schronisko oferuje różne gry planszowe, karty i puzzle. Każdy znajdzie coś dla siebie również na półce z czasopismami na każdy temat.

W schronisku można zamówić usługi przewodnickie bądź szkolenia dla grup na temat pierwszej pomocy w terenie górskim, z zakresu turystyki letniej i zimowej (posługiwanie się sprzętem, poruszanie się w górach w określonych warunkach, ocena zagrożenia), ratownictwa górskiego (praca ratownika, obowiązki, sprzęt, najciekawsze akcje ratownicze). Dla zainteresowanych istnieje możliwość uczestnictwa w warsztatach fotograficznych. Schronisko organizuje również prelekcje, koncerty, spotkania, pobyty integracyjne.

W okresie zimowym działa wypożyczalnia sprzętu zimowego, niezbędnego do przeprowadzenia bezpiecznej wycieczki. Chętni mogą skorzystać z rakiet śnieżnych, raków, kijków oraz lawinowego ABC (sonda, łopata i detektor lawinowy).

Do schroniska prowadzą liczne szlaki turystyczne. Najłatwiej dostać się do niego z miejscowości Zawoja. Prowadzą stamtąd dwa szlaki – żółty i zielony. Dobrym punktem orientacyjnym jest Dom Turysty PTTK Hanka. Zielonym szlakiem dotrzemy tam w półtorej godziny, przechodząc obok obszaru ochrony ścisłej na terenie Babiogórskiego Parku Narodowego. Żółty szlak to trochę dłuższa trasa, prowadząca obok miejsca gdzie stała Gruba Jodła – drzewo liczące ponad 600 lat. Można też dotrzeć niebieskim szlakiem z Przełęczy Lipnickiej w ciągu półtorej godziny. Na szczyt Babiej Góry biegnie szlak żółty lub czerwony, a wędrówka nimi zajmuje około półtorej godziny.

Babia Góra znana jest z częstych zmian pogody. Warto przed wyruszeniem w góry zapoznać się z prognozą pogodą.