Kościół został zbudowany na początku XVI wieku jako trzeci z kolei we wsi i zachował niemal wszystkie cechy stylowe gotyckiego drewnianego budownictwa sakralnego. Znajduje się na małopolskim Szlaku Architektury Drewnianej.

Według tradycji fundatorami pierwszego kościoła z 1262 roku była święta Kinga lub król Bolesław Wstydliwy. Druga świątynia stała we wsi 1318 roku w miejscu niżej położonym niż obecny kościół, jak mówi legenda, zabrała ją płynąca w pobliżu rzeka i przeniosła do Lipnicy Murowanej. Dzisiejszy kościół zbudowano w 1511 roku, a jego budowniczy pozostawili po sobie na tylnej ścianie wielobocznego zamknięcia prezbiterium, za ołtarzem tajemniczy podpis – znak podwójnego dzwonu, należący do rzemiosła cechowego.

Drewniany kościół charakteryzuje się konstrukcją zrębową, bryła składa się z szerszej nawy i wielobocznie zamkniętego prezbiterium z zakrystią, oknami od południa (poza względami klimatycznymi również dlatego, że wierzono wówczas, iż od północy czają się siły zła). Świątynia kryta jest wysokim, stromym dachem gontowym z XVII – wieczną wieżyczką – sygnaturką pokrytą blachą. Pod koniec XVI wieku kościół został otoczony sobotami. W latach 1813 – 1818 Wincenty Dunikowski rozbudował kościół o kamienną kaplicę. W 1863 roku postawiono nową sygnaturkę. W 1880 roku rozebrano soboty, zdjęto ze ścian gonty, kościół oszalowano deskami i spięto klamrami. Tak zmienił on wygląd zewnętrzny, ale choć był przechylony nie rozpadł się. Świątynia poważnie ucierpiała w 1914 roku, remontowano ją w 1937 roku.

Ściany i strop we wnętrzu kościoła zdobi figuralno – ornamentalna polichromia z 1879 roku, z renesansowo – barokowymi fragmentami z XVI – XVII wieku. Późnogotyckie portale w nawie mają wykrój oślego grzbietu. We wczesnobarokowym ołtarzu głównym znajduje się słynący łaskami cudowny obraz Matki Boskiej z 1678 roku nieznanego monogramisty, w typie włoskim oraz rzeźby świętych Stanisława i Wojciecha. Obraz przedstawia Matkę Bożą z dzieciątkiem i młodym Janem Chrzcicielem. Co ciekawe,  na czas mszy jest zasłaniany drugim obrazem Matki Boskiej z Dzieciątkiem z XVIII wieku. Obydwa barokowe ołtarze boczne pochodzą z XIX wieku: w lewym rzeźba Serca Pana Jezusa z obrazami świętego Walentego z XVIII wieku i Świętej Rodziny na zasuwie, w zwieńczeniu obraz Chrystusa Ukrzyżowanego; w prawym rzeźba świętego Józefa, na zasuwie obrazy świętego Mikołaja i Matki Bożej Różańcowej, w zwieńczeniu obraz świetego Jana Kantego. W kościele znajdują się cenne rzeźby drewniane: późnogotycka grupa Ukrzyżowania z XV wieku na belce tęczowej, figura Madonny z Rajbrotu i figurka Chrystusa Zmartwychwstałego. Najcenniejsza figurka w typie Pięknych Madonn z lat 1430 – 1440 znajduje się w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie. We wnętrzu kościoła zachowała się także drewniana ambona i kamienna chrzcielnica z XVI wieku. Organy na chórze 10 – głosowe, późnobarokowe z XVIII lub XIX wieku, przeniesione w 1956 roku z kościoła w Ochotnicy Dolnej. W sąsiedztwie kościoła znajduje się również drewniana strzelista dzwonnica z przełomu XVIII i XIX wieku, wkomponowana w murowane ogrodzenie wraz z kaplicami i stacjami drogi krzyżowej.