Wieś Prokocim w XIII wieku założył krakowski biskup Prokop. W XVI wieku istniał w niej folwark. W XVIII wieku wieś przejęła rodzina Wodzickich. Michał Wodzicki zbudował dwór z muru pruskiego i założył ogród włoski, jego bratanek Eliasz Wodzicki, około 1780 roku na miejscu starego dworu zbudował dwór murowany. W 1810 roku jego syn Józef Wodzicki założył park angielski, a na fundamentach starego pałacu zbudował dzisiejszy klasycystyczny.

W latach 1891–1895 roku dla nowego właściciela majątku, hrabiego Józefa Grodzickiego, architekt Karol Knaus przebudował pałac na eklektyczny. W 1895 roku kolejnym właścicielem pałacu został przybyły z Ameryki przemysłowiec, filantrop i mecenas sztuki Erazm Jerzmanowski. W pałacu założył elektryczność, centralne ogrzewanie, wodociągi i kanalizację. W parku pojawiły się mostki, rzeźby i oranżeria oraz strumień zasilający stawy rybne.

W 1910 roku Anna, żona Erazma Jerzmanowskiego, sprzedała majątek ojcom augustianom, którzy dworską stajnię zaadaptowali na kaplicę, czworaki na plebanię, a w pałacu założyli szkołę dla chłopców. W czasie pierwszej wojny światowej w pałacu mieścił się austriacki sztab wojskowy, a w czasie drugiej wojny zajęli go Niemcy. W 1950 roku zakon augustianów rozwiązano. W pałacu utworzono dom dziecka, który działał do 2003 roku. Park przekształcono w park miejski i znacznie przebudowano. W 1993 roku augustianie odzyskali majątek i od 2001 roku odprawiają msze w parkowej kaplicy świętego Mikołaja z Tolentino. Od 2003 roku w pałacu jest dom zakonny.

W 2020 roku otwarto zrewitalizowany park, w którym nasadzono nowe drzewa, krzewy i byliny, wyremontowano alejki i mostki, zamontowano ogrodzenie i oświetlenie, postawiono toaletę, zbudowano plac zabaw i plenerową siłownię, uruchomiono fontannę z czasów Jerzmanowskich i drugą z lat sześćdziesiątych XX wieku projektu profesora Wiktora Zina. W parku rosną też kilkusetletnie pomnikowe drzewa.

Pałac zachował się w formie z końca XIX wieku. To budowla piętrowa o urozmaiconej bryle, murowana i otynkowana. Wejście akcentuje ryzalit zwieńczony falistym szczytem, a elewację ogrodową loggia i kolisty ryzalit narożny z kopułą. Eklektyczną formę pałacu podkreślają barokowe i secesyjne detale architektoniczne. W pobliżu znajduje się kaplica i budynek z wieżą wodociągową z końca XIX wieku.