Die an der Weichsel emporsteigende Basilika des Heiligen Erzengels Michael und des Heiligen Bischofs Stanislaus gehört zu den wichtigsten Kirchen der polnischen Geschichte. Hier wurde auf Befehl des Herzogs Boleslaw dem Tapferen der Bischof von Kraków, Stanislaus von Szczepanów, ermordet. Die Krakauer „Skałka-Kirche“ war der Schauplatz zahlreicher Zeremonien. Könige und Fürsten kamen hierher, ebenso wie zahlreiche Pilger aus aller Welt, und der Kult des Heiligen Stanislaus wurde immer beliebter. Aus diesem Grund wurde hier das Sanktuarium des Martyriums des Heiligen Stanislaus errichtet.

Gemäß dem Wunsch des Stifters und Wohltäters des Klosters – Jan Długosz, wurde er hier in der Kirche neben dem Grab des Heiligen Stanislaus beigesetzt. Die einschiffige, mit einem Tonnengewölbe eingedeckte und teilweise in den Felsen unter der Kirche gehauene Krypta wurde 1792 fertiggestellt. Diese wurde umgebaut, um die Gräber der Verdienten zu beherbergen, mit tiefen Nischen unter den Jochen der Seitenschiffe. Im Chorraum neben der Krypta, das mit einem Tonnengewölbe mit abgesenktem Bogen eingedeckt ist und durch einen von neuromanischen Säulen getragenen Gurt vom Kirchenschiff getrennt ist, befindet sich ein von Tomasz Pryliński entworfener neuromanischer Altar. Am Bogen des Gewölbes ist die lateinische Inschrift zu sehen: „Credo, quod Redemptor meus vivit“, was so viel bedeutet wie: „Ich glaube, dass mein Erlöser lebt“. An der Hauptwand befindet sich ein buntes Glasfenster mit der Muttergottes von Tschenstochau, das von Adam Bunsch entworfen wurde.

Seit 1880 werden in der Krypta, die nach der Idee vom Professor der Jagiellonen-Universität Józef Łepkowski gebaut wurde, berühmte und verdiente Polen und Bewohner der Stadt Kraków beigesetzt. Die ersten, hier beigesetzten waren die sterblichen Überreste von Jan Długosz. Im Nationalen Pantheon gibt es außerdem Grabmäler von: Wincenty Pol, Józef Ignacy Kraszewski, Lucjan Siemieński, Teofil Lenartowicz, Adam Asnyk, Henryk Siemiradzki, Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski, Karol Szymanowski, Ludwik Solski, Tadeusz Banachiewicz und Czesław Miłosz.

1901 wurden die Sarkophage von Pol und Siemieński von Karol Knaus entworfen, dem Autor der weiteren Grabmäler für Lenartowicz, Asnyk und Siemiradzki. Der Sarkophag von Wyspiański wurde von Jan Rzymkowski angefertigt, und der Grabstein von Malczewski ist ein Werk von Stanisław Popławski. Der Sarkophag von Szymanowski wurde nach einem Entwurf von Stefan Stroik, der von Solski nach einem Entwurf von Fryderyk Toth angefertigt. Das Grab von Banachiewicz hingegen wurde von Franciszek Łuczywo gefertigt. 1989 wurde in der Krypta eine Gedenktafel für Professor Aleksander Brickner angebracht.