Dolina zbudowana jest głównie z wapieni z okresu górnej jury i kredy sprzed 150 milionów lat. Jest to jar krasowy o prostopadłych skalistych zboczach i płaskim dnie. Wzmożona erozja boczna i warunki atmosferyczne doprowadziły do powstania w niej teras skalnych, czyli spłaszczeń, które tworzą malownicze bramki, iglice skalne i inne formy skałkowe (np. Krakowska Brama, Igła Deotymy). Grota Łokietka, Jaskinia Ciemna czy Nietoperzowa, słynny wapienny ostaniec, czyli Maczuga Herkulesa i Brama Krakowska to tylko niektóre z perełek, które warto obejrzeć.

Szata roślinna doliny jest bogata i urozmaicona. Oprócz fragmentów lasów cenne są zespoły wapieniolubnych roślin zielonych, występujące na skalistych zboczach.

Na zboczach parowu w Hamerni, osadzie wsi Prądnik Korzkiewski, w 1805 r. Willibald Besser odkrył po raz pierwszy występowanie brzozy ojcowskiej. W 1948 r. nieliczne okazy tego taksonu stwierdzono również w sąsiedniej osadzie Swawola.

Nad doliną wznoszą się także ruiny zamku w Ojcowie oraz zamek w Pieskowej Skale. Uwagę turystów przyciąga także drewniana zabudowa wsi w Ojcowie, który niegdyś pełnił funkcję uzdrowiska. Dolina Prądnika to  miejsce, które oferuje wypoczynek na łonie natury dla całej rodziny umożliwiając różne formy aktywności: wycieczki piesze i rowerowe z pięknymi widokami. Będąc w okolicach warto wstąpić do hodowli Pstrąga Ojcowskiego oraz zobaczyć Kaplicę na Wodzie. Wstęp na teren Ojcowskiego Parku Narodowego jest bezpłatny.

Szlaki turystyczne:

 – czerwony Szlak Orlich Gniazd, odcinek od Sułoszowej przez Dolinę Prądnika do Prądnika Korzkiewskiego,

 – niebieski Szlak Warowni Jurajskich, odcinek od Doliny Prądnika, przez wąwóz Ciasne Skałki do Doliny Będkowskiej.