Pierwsza pewna wiadomość o kościele świętego Bartłomieja pochodzi z 1325 roku. Wtedy to Kokosz Berzeviczy nadał probostwo i patronat nad kościołem zakonowi kartuzów z pobliskiego Czerwonego Klasztoru. Badania archeologiczne, jak i roczniki diecezji spiskiej, wskazują, że drewniany kościółek w Niedzicy istniał już w latach siedemdziesiątych XIII wieku. Najprawdopodobniej został jednak zniszczony podczas najazdu tatarskiego w 1287 roku.

Murowany z kamienia łamanego kościół świętego Bartłomieja należy do grupy gotyckich kościołów spiskich (Frydman, Kacwin, Krempachy, Łapsze Niżne). Wszystkie posiadają proste układy jednonawowe, z prezbiterium nakrytym sklepieniem krzyżowo-żebrowym.

Na przestrzeni wieków architektura wnętrza kościoła przechodziła liczne przeobrażenia. Obecnie w większości jest ona utrzymana w stylu późnobarokowym. W prezbiterium zachowały się jednak gotyckie malowidła figuralne „Ukrzyżowanie” i „Tron Łaski” z lat 1390–1420, a także wykonany minuskułą wymowny w treści napis: „spowiedź bez żalu, miłość bez wierności, modlitwa bez serdeczności jest daremnym działaniem”. Ponadto w kościele można podziwiać bezcenny tryptyk z około 1454 roku, przedstawiający legendę świętego Bartłomieja i jego męczeńską śmierć w …Indiach. Niestety w Niedzicy zachowała się tylko część tryptyku, resztę można zobaczyć w Muzeum Sztuk Pięknych w Budapeszcie.

W połowie XVIII wieku do ściany północnej nawy kościoła została dobudowana kaplica Matki Boskiej Bolesnej z rokokowym ołtarzem z Pietą, chórem oraz podwójnym konfesjonałem.