Pierwsze wzmianki o bobowskich Żydach pochodzą już z XVI wieku, ale na stałe osiedlili się oni w mieście w 1732 roku. Sprowadził ich do Bobowej dziedzic Michał Jaworski, aby zaktywizować upadający w tej okolicy handel. Czterdzieści lat później stanowili już prężną gminę żydowską. Synagoga w Bobowej została zbudowana w 1756 roku. Potężny pożar, który wybuchł w miasteczku w 1889 roku i zniszczył większość budynków, nie oszczędził również synagogi. Natychmiast po nim podjęto jednak decyzję o renowacji, która nadała budynkowi dzisiejszy kształt. Bobowska synagoga w czasie niemieckiej okupacji została zdewastowana. Po wojnie zaś zaadaptowano budynek na warsztaty tkackie miejscowej szkoły. Usunięto bimę (podwyższone miejsce w centrum synagogi, z którego odczytywana jest Tora oraz księgi prorockie i prowadzone są modlitwy) i pobielono ściany z polichromiami. W 1993 roku synagogę przejęła Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie. Wyremontowana dzięki funduszom rabina Aschego Scharfa z Nowego Jorku, została uroczyście otwarta w lipcu 2003 roku, w kolejną rocznicę śmierci bobowskiego cadyka Halberstama. Chaim Halberstam był założycielem dynastii cadyków Sanz. Jego synowie przewodzili wspólnotom Chasydów w Chrzanowie, Gorlicach, Sieniawie. Szczególnym wydarzeniem w życiu gminy żydowskiej w Bobowej w okresie międzywojennym było wesele córki Bencjona Halberstama - Nechamy Goldy z Mojżeszem Stemplem - synem właściciela hoteli z Krakowa. Odbyło się ono 10 marca 1931 roku. To było wydarzenie nie na miarę regionu, ale kraju i Europy. Pana młodego wiódł orszak liczący tysiące osób, wesele trwało kilka dni. Dziś Bobowa stanowi cel pielgrzymek chasydów z całego świata. Synagoga służy jako miejsce kultu i jest udostępniana zwiedzającym.