Kościół został poważnie uszkodzony podczas I wojny światowej. W pobliżu przebiegała linia okopów austriackich, a żołnierze wykorzystali materiał ze ścian, wieży i dachu do budowy umocnień. Zdewastowali również wnętrze i zniszczyli większość wyposażenia. Odbudowę kościoła rozpoczęto już w 1918 roku, ale prace konserwatorskie ciągnęły się z przerwami do końca XX wieku. Część sprzętów udało się uratować, między innymi gotycką chrzcielnicę z 1522 roku, przetrwały także gotyckie ornamentowane portale i fragment XIX-wiecznej polichromii na południowej ścianie prezbiterium. Dziś wnętrze obiektu odznacza się prostotą, a bogato zdobiony jest jedynie zrekonstruowany późnorenesansowy ołtarz główny z XVII wieku, w którym widnieją obraz przedstawiający świętych Mikołaja, Benedykta i Antoniego oraz rzeźba Zbawiciela Świata. Ołtarze boczne pochodzą z końca ubiegłego wieku.
W 1994 roku organizacja Europa Nostra (propagująca i chroniąca dziedzictwo kulturowe i przyrodnicze w Europie) nagrodziła kościół za wzorową konserwację. Prace restauratorskie przeprowadzone z dbałością o zachowanie autentyczności były też jednym z powodów umieszczenia świątyni w 2003 roku na Liście Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Naturalnego UNESCO. Ciekawostkę obiektu stanowi otwarta w przyziemiu wieża, dzięki czemu można oglądać jej konstrukcję.
Sękowski kościółek jest jednym z najbardziej malowniczych w Małopolsce. Od dawna zachwycali się nim artyści, chętnie uwieczniając jego strzelistą sylwetkę. Rysowali go Stanisław Wyspiański, Józef Mehoffer czy Włodzimierz Tetmajer. Obiekt znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej w Małopolsce.