Na przełomie XVI i XVII wieku w miejscu dzisiejszej plebanii istniała w mieście szkoła parafialna. Na początku XIX wieku utworzono pierwszą publiczną szkołę elementarną, wkrótce przekształconą w szkołę główną, którą w połowie XIX wieku przeniesiono do nowego budynku Magistratu. W 1866 roku władze austriackie zezwoliły na uruchomienie szkoły średniej czyli niższego gimnazjum humanistycznego, które przekształcono w pełnowymiarowe Gimnazjum Realne, a następnie w Gimnazjum Humanistyczne. W 1874 roku rozpoczęto budowę budynku szkoły projektu krakowskiego architekta Teofila Żebrawskiego, w 1875 roku rozpoczęły w nim naukę. Do wybuchu pierwszej wojny światowej szkołę ukończyło 1035 uczniów. Panowała w niej patriotyczna atmosfera, a cesarsko-królewskim Gimnazjum była tylko z nazwy.

W okresie międzywojennym szkoła rozkwitała, rocznie uczęszczało do niej około 400–500 uczniów, a ukończyło 769. W latach 1919–1938 gimnazjum klasyczne przekształcono w Państwowe Gimnazjum i Liceum. Szkoła była najważniejszym ośrodkiem życia intelektualno-kulturalnego Wadowic i okolicy. Młodzież wydawała gazetę, prowadziła orkiestrę i zespół teatralny. W latach 1930–1938 uczył się w niej Karol Wojtyła, aktywnie uczestniczący w wielu inicjatywach kulturalno-artystycznych. Szkoła w tym czasie nie posiadała sali gimnastycznej, a na piętrze było mieszkanie dyrektora. Lata drugiej wojny światowej były czasem egzaminu patriotycznego uczniów i nauczycieli. Po zakończeniu wojny naukę wznowiono 4 lutego 1945 roku.

Z murów wadowickiego gimnazjum wyszło wielu znakomitych absolwentów, w tym dowódca obrony Warszawy w 1939 roku generał Walerian Czuma i kardynał metropolita lwowski święty Józef Bilczewski oraz Karol Wojtyła czyli papież Jan Paweł II. Ponieważ gimnazjum humanistyczne w Wadowicach było o profilu neoklasycznym w programie nauczania były łacina i greka. Uczono nie tylko ich gramatyki, ale również prawidłowej wymowy. 

Dziś przed szkołą stoi pomnik Emila Zegadłowicza, a nad wejściem znajduje się maksyma rzymskiego poety Albiusa Tibullusa: To co czyste podoba się Najwyższemu, przychodźcie w szacie czystej i rękoma czystymi czerpcie wodę ze źródła. Liceum Ogólnokształcące nadal jest wiodącą placówką szkolnictwa średniego w powiecie wadowickim i nawiązuje do chlubnych tradycji dawnego Gimnazjum.