Kamień węgielny pod budowę sanktuarium w 1984 roku uroczyście wmurował metropolita krakowski, ksiądz kardynał Franciszek Macharski. Kamień pochodzący z bazyliki świętego Franciszka z Asyżu, poświęcił papież Jan Paweł II. Kościół, sąsiadujący z Domem Generalnym Zgromadzenia Sióstr Albertynek, zaprojektowali Marzena Popławska i Wojciech Kosiński. Wybudowano go w latach 1982–1985, a podniesiono do rangi sanktuarium w 1997 roku.

Brat Albert był osobą popularną, ludzie modlili się o jego wstawiennictwo do Boga. Artysta, który porzucił karierę malarza, by zamieszkać z bezdomnymi i potrzebującymi, był w Krakowie i nie tylko, postacią otoczoną szacunkiem i kultem. Rozpoczęcie procesu jego beatyfikacji poprzedziła przeprowadzona w 1932 roku ekshumacja zwłok świętego, którego szczątki przełożono do nowej trumny i ponownie złożono w grobowcu na krakowskim Cmentarzu Rakowickim.

W kościele w ołtarzu głównym znajduje się piękny obraz Chrystusa Ubiczowanego Ecce Homo, namalowany przez świętego brata Alberta. Tu także przechowywane są relikwie świętego oraz błogosławionej siostry Bernardyny, pierwszej przełożonej generalnej zakonu sióstr albertynek.

Odpust w dniu świętego Brata Alberta przypada 17 czerwca, a odpust w dniu błogosławionej siostry Bernardyny 22 września. W kościele szczególnie uroczyście jest w piątek przed Niedzielą Palmową, podczas corocznego odpustu Chrystusa Ecce Homo.