Na miejscu dzisiejszego Magistratu był cmentarz, średniowieczny szpital i gotycki kościół świętego Ducha, fundacji króla Kazimierza Wielkiego. W czasie pierwszego rozbioru Polski, cesarz austriacki Józef II zadecydował w 1772 roku o przeznaczeniu kościoła na cele świeckie. Najpierw służył on za magazyn zboża, który przed 1842 rokiem zmieniono w salę teatru miejskiego. W 1861 roku na jego scenie występowała Helena Modrzejewska. Później na miejscu kościoła zbudowano Magistrat w stylu neogotyku angielskiego, a szpital przekształcono w przylegający do niego klasycystyczny odwach, dawną siedzibę straży miejskiej. Dzisiaj w budynku o dużej wartości historycznej i architektonicznej, po kolejnych remontach i przebudowach, ma siedzibę Urząd Miasta sąsiadujący z Plantami Wielickimi.