Parafię w Szalowej erygowano około 1375 roku. Późnobarokowy kościół zbudowano w latach 1736–1756 na miejscu poprzedniego z XVI wieku, z inicjatywy właściciela wsi Krzysztofa Jordana i proboszcza Wojciecha Stefanowskiego. W 1782 roku zakończono jego wyposażanie, w drugiej połowie XVIII wieku wnętrze pokryto polichromią, uzupełnioną w 1808 roku. W 1911 roku gontowe dachy pokryto blachą. W latach 1951–1953 przeprowadzono renowację polichromii i wyposażenia, kolejne prace konserwatorskie prowadzono w 2005 roku, w latach 2012–2014 dachy pokryto gontem i wymieniono szalunki.

Drewniana budowla konstrukcji zrębowej, na fundamentach z kamienia łamanego, o ścianach oszalowanych, częściowo krytych gontem, jest mistrzowską imitacją murowanej świątyni. To kościół trójnawowy w układzie bazylikowym z zamkniętym trójbocznie prezbiterium, szerokości równej z prostokątną nawą główną, z dwoma zakrystiami po bokach. Do naw od frontu dobudowano trzy kruchty. Dach nad nawą główną i prezbiterium jest wielopołaciowy z ośmioboczną cebulastą wieżyczką na sygnaturkę. Unikatowym elementem są dwie boczne wieże ze zdwojonymi baniastymi hełmami, które z położonym między nimi trójkątnym szczytem, z rzeźbą świętego Michała Archanioła walczącego z diabłem, tworzą szeroką, dwukondygnacyjną fasadę.

Nawę główną i prezbiterium kryje pozorne sklepienia kolebkowe, nawy boczne stropy płaskie. Nawy boczne otwierają się na nawę główną arkadami o falistych wykrojach z ukośnie ustawionymi kolumnami. Wnętrze ma jednolity stylowo wystrój w biało-błękitno-złotej tonacji i cenne wyposażenie z XVIII wieku, bogate są detale architektoniczne, wystrój rzeźbiarski i barokowo-rokokowe polichromie figuralno-iluzjonistyczne nieznanego artysty. Drewniane detale architektoniczne są rzeźbione i polichromowane, w tym okazałe portale do zakrystii i łuki arkad z figurkami aniołków. Ciekawa jest malarsko-rzeźbiarska dekoracja ściany i belki tęczowej, gdzie polichromia ścienna uzupełnia rzeźbiarską grupę Ukrzyżowania. Uwagę zwraca zespół kolumnowych ołtarzy, szczególnie okazały ołtarz główny z obrazami i lustrami w retabulum. Liczne są cenne obrazy z XVI–XVIII wieku oraz chrzcielnica z czarnego marmuru z przełomu XVII i XVIII wieki. Z połowy XVIII wieku pochodzą: ambona o misternej dekoracji połączona schodami z galeryjką kolatorską, rokokowe konfesjonały, polichromowane, rokokowe ławy oraz chór muzyczny z ornamentowanym parapetem. Na uwagę zasługuje rokokowy relikwiarz świętej Barbary z drugiej połowy XVIII wieku i obraz Veraicon z XVII wieku z twarzą Chrystusa w okładzinie ze srebrnej blachy.

Kościół otacza murowane ogrodzenie z 1739 roku ze stacjami Drogi Krzyżowej. Na terenie przykościelnym zachował się starodrzew, stoi też kaplica Miłosierdzia Bożego z 1739 roku i dzwonnica z XIX wieku.

Kościół od czasu budowy zachował się w prawie niezmienionej formie. O jego wysokiej klasie świadczą indywidualne rozwiązania konstrukcyjne i znakomite wykorzystanie możliwości drewna. We jego wnętrzu w typowy dla baroku sposób połączono elementy architektoniczne oraz wystrój malarski i rzeźbiarski o najwyższym poziomie artystycznym.

Kościół znajduje się na Szlak Architektury Drewnianej – światowe dziedzictwo w Małopolsce