Das heutige Gebäude der Pfarrkirche stammt aus dem Jahr 1871. Sie steht an der ul. Rynek 34 und gilt neben dem jüdischen Friedhof, der nicht mehr für Bestattungen benutzt wird, als eines der größten Denkmäler der Gegend. Ursprünglich stand an der Stelle der heutigen gemauerten Kirche ein Holzbau aus der Mitte des 16. Jahrhunderts.

Die Pfarrgemeinde Czarny Dunajec besteht seit dem 17. Jahrhundert, als der Sohn des Dorfgründers, Jan Miętus, in die Stadtbücher von Myślenice die Urkunde zur Gründung der Gemeinde der hl. Dreifaltigkeit Czarny Dunajec eintrug. Das 18. und 19. Jahrhundert waren harte Zeiten für die Kirche in Czarny Dunajec. 1787 wurde rund die Hälfte der Wohngebäude der Ortschaft samt der Kirche aus Holz durch Feuer zerstört. Weniger als 20 Jahre, nachdem das neue Gotteshaus wiederaufgebaut worden war, wurde das Gewölbe beschädigt. Daraufhin wurde eine gemauerte Kirche gebaut, die jedoch Mitte des 18. Jahrhunderts ebenfalls abbrannte.

Die Kirche, die wir heute in Czarny Dunajec sehen, wurde auf Initiative der örtlichen Gemeinde wiederaufgebaut. Die Arbeiten wurden 1871 abgeschlossen. Sie dient bis heute der örtlichen Gemeinde. In den letzten Jahren wurden zahlreiche Renovierungsarbeiten durchgeführt, u. a. an der Fassade und im Inneren der Kirche: der Fußboden, die Beleuchtung und die Heizung. Auch die Umgebung der Kirche wurde der Renovierung unterzogen.

Heute ist die Dreifaltigkeitskirche ein Wahrzeichen von Czarny Dunajec und eine der am häufigsten besuchten Sehenswürdigkeiten.