Mit der Stiftung dieser Synagoge ist eine Legende verbunden, die besagt, dass ihr Stifter nach einem Traum einen Schatz unter seinem Ofen gefunden hat, mit dessen Hilfe er die Synagoge bauen konnte. Die Synagoge, die über Jahrhunderte eine der prächtigsten Synagogen von Kraków war, ist im Stil des Spätbarocks errichtet und verziert worden. Im 2. Weltkrieg haben die deutschen Besatzer wertvolle Ausstattung der Synagoge und Kultgegenstände entweder geraubt oder zerstört. In den Räumen der Synagoge war eine Theaterwerkstatt untergebracht, in der der berühmte Maler Tadeusz Kantor als Dekorateur angestellt war. Nach dem Krieg ist die Synagoge durch Künstler von Kraków renoviert und zu einer Bildhauereiwerkstatt umfunktioniert worden. Der Zustand des Gebäudes hat sich jedoch immer verschlechtert, 1981 hat ein Brand den Innenraum der Synagoge schwer beschädigt. Nach der Renovierung erstrahlt der Bau wieder in altem Glanz. Im Hauptgebetssaal kann man ein Tonnengewölbe mit Lünetten bewundern. Seine Wände sind ähnlich wie die Wände des Frauenbereichs mit Polychromie und liturgischen Texten verziert. Die Isaak-Synagoge ist nach der Renovierung an die Chassiden zurückgegeben worden und fungiert wieder als eine Gebets- und Kultstätte.