Die erste Erwähnung der Juden aus Bobowa stammt aus dem 16. Jahrhundert, dauerhaft niederlassen haben sie sich hier aber erst 1732. Die Juden sind in Bobowa vom Gutsherrn Michał Jaworski angesiedelt worden, um den schwächenden Handel in der Region zu beleben. Nach vierzig Jahren haben die Juden eine blühende, jüdische Gemeinde aufgebaut. Die Synagoge in Bobowa wurde 1756 gebaut. Ein Großbrand, der 1889 in der Stadt gelodert und einen Großteil deren Bebauung zerstört hat, hat auch nicht die Synagoge verschont. Unmittelbar danach hat man ihren Wiederaufbau beschlossen, bei dem das Gebäude seine heutige Form erhalten hat. Während der deutschen Besatzung ist die Bobowa-Synagoge verwüstet worden. Nach dem Krieg ist das Gebäude umgebaut worden, um dort die Weberei der örtlichen Schule einzurichten, dabei wurde die Bima (der erhöhte Platz in der Mitte des Raums, von dem aus die Thora und die prophetischen Bücher gelesen und die Gebete verrichtet werden) entfernt und die vielfarbigen Wände mit Polychromie weiß angestrichen. 1993 ist die Synagoge von der Jüdischen Gemeinde in Kraków übernommen worden. Sie wurde dank der finanziellen Unterstützung vom Rabbi Asche Scharf aus New York renoviert und im Juli 2003 am Todestag des Admors Halberstam aus Bobowa wieder geöffnet worden. Chaim Halberstam war der Gründer der Admor-Dynastie Sanz. Seine Söhne haben die Chassiden-Gemeinden in Chrzanów, Gorlice, Sieniawa geleitet. Ein besonderes Ereignis in der Geschichte der jüdischen Gemeinde in Bobowa in der Zwischenkriegszeit war die Hochzeit der Tochter von Bencjon Halberstam - namens Nechama Gold - mit Moses Stempel, dem Sohn eines Krakauer Hotelbesitzers. Diese fand am 10. März 1931 statt. Dies war ein Großereignis nicht nur für die Region, sondern für das ganze Land und Europa. Der Bräutigam ist von Tausenden Begleitern angeführt worden und die Hochzeit dauerte mehrere Tage. Heute ist Bobowa das Ziel chassidischer Pilgerfahrten aus ganzer Welt. Die Synagoge dient als ein Gotteshaus und ist für Besucher geöffnet.