Księżna założyła klasztor po śmierci swojego męża, w 1280 roku i sama również do niego wstąpiła. Zrzekła się na rzecz klasztoru swoich sądeckich posiadłości, a dokładnie Starego Sącza wraz z 28 wsiami. Zmarła w 1292 roku, a jej grób znajduje się w klasztorze. Klasztorny kościół świętej Klary, który konsekrowano w 1332 roku, pierwotnie był głównie konstrukcji drewnianej. Na przestrzeni wieków był wielokrotnie przebudowywany. Najbardziej na obecny wygląd klasztoru wpłynęła jednak przebudowa z początku XVII wieku, wykonana przez włoskiego muratora Jana de Simoni. Klasztor po dokonanych przez niego zmianach zyskał wygląd typowo barokowy.

W świątyni na szczególną uwagę zasługują ołtarz główny z obrazem świętej Trójcy i ze stiukową sceną Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Piękne są również XVII – wieczne malowidła świętego Antoniego i świętej Klary w bocznych ołtarzach oraz unikatowa barokowa ambona, która została wzniesiona w 1671 roku, a także znajdująca się w przedsionku XV – wieczna chrzcielnica. Do klasztoru przylega XIV - wieczna kaplica świętej Kingi, w której znajduje się  barokowy ołtarz z posągiem przedstawiającym Świętą Księżnę Sądecką z 1470 roku. Wyjątkowe są również, prowadzące do zakrystii XVII-wieczne drzwi z malowanymi scenami z życia świętej Kingi i jej męża Bolesława Wstydliwego. Stary Sącz szybko stał się miejscem kultu świętej Kingi. Jej postać w sposób szczególny wiąże się ze Starym Sączem poprzez obecność zarówno w kulcie religijnym, jak i w żywej tradycji historycznej oraz legendach, sztuce i literaturze. W 1999 roku Jan Paweł II kanonizował świętą Kingę. Uroczystości odbyły się na błoniach starosądeckich. Wzniesiony wtedy ołtarz można oglądać do dzisiaj. Na mszy kanonizacyjnej były obecne także siostry klaryski ze Starego Sącza, które specjalnie na tę okoliczność uzyskały pozwolenia wyjścia poza klasztorną klauzulę.