Istniejąca już w XIII wieku parafia w Sieprawiu należy do najstarszych w archidiecezji krakowskiej. Początek kościołowi dała kaplica dworska lub przydrożna, stojąca w pobliżu placu targowego przy przechodzącym przez wieś trakcie węgierskim. Budowę  pierwszego kościoła rozpoczęto w 1325 roku. Należał on do opactwa cystersów w Tyńcu, a opiekę nad nim sprawowali właściciele wsi. Obecny kościół jest budowlą nową o ciekawej architekturze ze strzelistą, trójkątną wieżą.

W bocznej kaplicy świątyni przechowywane są relikwie błogosławionej, która pochodziła z Sieprawia i w tutejszym kościele została ochrzczona, a dziś cieszy się czcią mieszkańców i pielgrzymów. Świątynia status sanktuarium otrzymała w 2004 roku dzięki dekretowi kardynała Franciszka Macharskiego.

 Innym obiektem kultu w kościele jest obraz MB Sieprawskiej. Wizerunek Maryi z Dzieciątkiem pochodzi z XVI w. Powstał na zlecenie Jordanów i przechowywany był w ich kaplicy dworskiej w Kawęcinie, a po ufundowaniu w 1620 r. kościoła św. Michała Archanioła został do niego przeniesiony i z czasem trafił do nowego kościoła.

Odpusty w sanktuarium przypadają na 9 września w dniu wspomnienia błogosławionej Anieli i 11 listopada w dzień świętego Marcina, dawnego patrona sieprawskiej parafii, którego niewielki kościółek znajduje się w pobliżu nowego, oraz w ostatnią niedzielę września w dniu świętego Michała Archanioła.